Um geólogo que está trabalhando em Roswell encontra uma ossada enterrada no deserto. A descoberta acaba fazendo com que a investigação de aliens recomeçasse, e Michael acaba sendo preso por assassinato. Apesar dos esforços do Xerife Valenti é Max que terá que salvar seu amigo do FBI.

Depois do assassinato de Nasedo, Max começa a comparar a situação dele com algo que está estudando na aula de história e percebe que não pode mais continuar sendo um líder passivo. Milton vende o Centro de OVNI inesperadamente a um estranho misterioso. Convencido de que todos morrerão se seguirem as ordens de Max, Michael invade o UFO Center para saber da verdade. Depois de quase ser morto, Michael acredita que o novo dono é uma ameaça e aconselha a Max a eliminá-lo.

É o aniversário de Isabel e Max decide fazer uma festa surpresa para ela. Mas ela ganhará mais do que imagina quando começa a ter visões de Tess sendo seqüestrada.

Depois de um difícil começo de semestre, o professor de história de Michael pede que ele faça uma entrevista com um soldado veterano e escreva o que ele aprendeu. Apesar de não gostar de ter que fazer o trabalho, Michael acaba aprendendo mais do que imaginava. O soldado acaba revelando, através de flashbacks, que apesar dos esforços do governo de pará-lo, ele salvou a vida de aliens depois da queda de 1947.

Um Max do futuro volta ao presente para avisar Liz que o relacionamento ente eles irá ameaçar o futuro do planeta natal dos aliens, pois Tess terá ido embora de Roswell, e em consequência disso Michael e Isabel irão morrer. Na esperança de evitar uma situação desastrosa, eles fazem um plano para mudar o futuro e Liz arma para que Max acredite que ela transou com Kyle, traindo o Max do presente de uma maneira que ele nunca esquecerá.

Max e a turma vão até a cidade natal da Congressista Whitaker em Arizona depois que eles vêem uma reportagem na tv dizendo que ela morreu de um acidente de carro semanas depois que Isabel a matou. Quando chegam, eles descobrem que a cidade é a base do centro de fabricação dos Skins e que a reportagem foi uma armadilha de seus inimigos.

Depois de transformar Roswell em uma cidade fantasma fazendo todos os humanos desaparecem, os Skins capturam Max, Isabel, Michael e Tess. Eles torturam os quatro na esperança de descobrir onde está o Granilith. Recusando-se a falar, as torturas se tornam tão severas que um alien acaba morrendo.

Max, Isabel, Michael e Tess encontram suas “duplicatas”. As cópias estão vivendo em Nova York e parecem ser a versão do mal do grupo de Roswell. Eles matam o próprio rei, chamado Zan (duplicata de Max), e vão a Roswell. As versões de Isabel, Michael e Tess pretendem convencer Max a se passar pelo seu rei morto, na reunião com outros líderes aliens.

Max e Tess vão para a Missão Interstellar em Nova York com as versões duplicadas de Michael e Isabel (Rath e Lonnie). Quando Max conhece o conselho da paz representativo dos cinco planetas em guerra, ele encontra Brody, cujo corpo tem sido usado como recipiente para um dos membros. Lonnie e Rath estão desesperados para que Max aceite o acordo de paz e assim poderem ir para casa. Porém, Max e Tess suspeitam de seus motivos, até ele receber um aviso de uma fonte inesperada para que se resolva sobre o acordo de paz.

Max vê um homem pular na frente de um carro para salvar a vida de sua filha. E começa a ser assombrado pelo homem morto que o confronta sobre sua decisão e diz que ele precisa recuperar o estrago que fez.

Isabel está entediada e decide passear pelos sonhos das pessoas, e fica surpresa quando ela invade um sonho que ela não queria e acaba vendo uma adolescente sendo enterrada viva na floresta.

Xerife Valenti é suspenso da polícia por causa das suas atitudes no caso da garota desaparecida, Laurie Dupree e após se recusar a responder as perguntas do FBI sobre Max e Isabel. Laurie Dupree foge do hospital e aparece na casa do Xerife alegando estar sendo perseguida por extraterrestres, e pedindo sua ajuda.

Michael e Maria fogem de Roswell após ajudar Laurie DuPree a escapar da polícia. Isabel e Max estão tentando descobrir o que é a substância azul que eles encontraram na floresta. E Liz, Isabel e Max acabam descobrindo que o ecossistema da Terra foi infectado por um parasita alienígena perigoso que está vivendo nas águas da floresta, perto do local da queda.

Brody, sob o comando de ‘Larek’, conta a Liz, Isabel, Tess e Max que os cristais aliens infectam certos humanos com um erro no seu cromossomo. A rainha da colônia de Ghandarium é a única que consegue infectar. Enquanto isso, em Tucson, Laurie conta a Michael que tem um defeito genético recessivo cromossomial, uma herança do avô. Kyle e Alex encontram a colônia de Ghandarium e acabam ficando presos em um buraco cheio de cristais.

Os nervos de Michael estão a flor da pele, e então ele decide que Max e ele deveriam viajar para Las Vegas para se distraírem. Isabel e Maria descobrem o plano dos garotos e se convidam para ir junto. Então, Tess, Kyle, Liz e Alex sabem da notícia e se juntam ao grupo.

É a época do baile de formatura, os casais se juntam: Max e Liz, Tess e Kyle, Isabel e Alex e Michael e Maria, mas nem tudo serão flores…

Depois de Alex morrer misteriosamente em um acidente de carro, a turma procura por respostas. Enquanto eles se preparam para o funeral e o memorial na escola, Isabel conta que está deixando a cidade para ir para faculdade.

Liz continua sua investigação sobre a morte de Alex e pede a ajuda de Sean para arrombar o escritório do conselheiro de orientação escolar, onde ela faz uma fotocópia do arquivo pessoal de Alex e chega a uma conclusão surpreendente. Enquanto isso, Isabel fala para Max que recebeu uma carta de uma faculdade e que deixará Roswell em breve. E Maria termina o namoro com Michael porque ela não aguentaria vê-lo partir para outro planeta.

Liz convence Maria a ir com ela para Universidade de Las Cruces, onde elas descobrem que Alex estava no laboratório de linguística sob o nome de Ray Bradbury, quando ele deveria estar na Suécia. Então elas chamam o Michael para ajudá-las. No quarto de Alex, eles descobrem que ele escreveu coisas sobre Leanna, uma skin contratada por Nicholas para vigiá-lo, e que ela estaria em uma reunião da Amizade Universal durante um show. Enquanto isso, quando Tess sofre com os sintomas da gravidez Max acaba descobrindo que o bebê está sufocando com a atmosfera terrestre e que sua única salvação é voltar para o planeta natal.

Quando Brody se lembra da sua abdução e de que era Larek, suas memórias e as do alien se misturam o levando a loucura, e afim de obter respostas ele mantém Max, Tess e Maria como reféns no UFO Center. Na tentativa de salvar a todos e ‘curar’ Brody, Max inadvertidamente vê sua vida passada e seu amor por Tess. E Liz e Max descobrem que há algo estranho na comida do Crashdown.

Os aliens têm que voltar para o planeta natal ou o bebê de Tess morrerá. Então eles vão dizer adeus aos amigos e parentes e Max ainda quer descobrir o assassino de Alex. Mas Liz descobre que não é quem eles imaginavam… E o assassino pode ficar a solta!