Um homem vai para prisão com o intuito de planejar a fuga de seu irmão, um condenado à pena de morte que jura ser inocente e vítima de uma armação.

Os conflitos raciais aumentam na prisão. Verônica trabalha no caso de Lincoln. Michael tenta conseguir uma droga para seu exame de diabetes dê positivo e luta para se apossar de um objeto que poderá ajudá-lo em seu plano de fuga.

Michael tem problemas em convencer Abruzzi e Sucre de seu plano. Verônica consegue uma declaração de Letícia, mas ela desaparece em seguida. Lincoln pensa em chamar um membro da família para assistir sua execução.

Michael consegue alguns produtos químicos corrosivos para usar em seu plano de fuga. Haywire desenvolve uma desconfortável fascinação pela tatuagem de Michael. Verônica pede ajuda legal para sua investigação.

Enquanto Kellerman e Hale tentam conseguir a transferência de Michael, ele dá início a primeira parte de seu plano de fuga. Verônica e Nicky estudam o vídeo que condenou Lincoln, mas outra pessoa também está de olho na fita.

Michael aumenta a temperatura na prisão para chegar até o outro lado da parede de sua cela. Sem que Lincoln saiba, forças exteriores planejam alterar o dia de sua execução. Veronica e Nick seguem uma pista até Washington. Um grande tumulto na prisão ameaça a vida dos prisioneiros e funcionários, e dá à T-Bag a oportunidade de esconder um chocante segredo.

Enquanto o tumulto na prisão aumenta, Michael enfrenta uma difícil decisão sobre a vida da Dra. Sara. Abruzzi e Sucre se unem para destruir um inimigo. T-Bag suja suas mãos de sangue em sua busca para ser incluído no plano de fuga. Lincoln tem um confronto potencialmente fatal. E Verônica e Nick continuam atrás de uma pista em Washington.

O plano de Michael enfrenta um empecilho quando ele descobre que um velho depósito crucial para a fuga foi transformado no alojamento dos guardas. Verônica e Nick recebem um explosivo aviso para desistir da investigação deles para provar a inocência de Lincoln. LJ foge de casa. A conspiração tira mais três vidas. E a identidade da misteriosa mulher é revelada.

Abruzzi descobre que foi rebaixado na hierarquia da prisão, colocando todo o plano de fuga em risco. Quando o mais recente relacionamento de T-Bag termina e ele procura um novo "peixe", Michael fica em dúvida sobre proteger o novo prisioneiro quando T-Bag ameaça revelar o seu plano de fuga para os guardas. Após dois assassinatos, LJ corre para salvar sua vida. E os presos cavam um túnel com a última parte do plano.

Michael é forçado a delatar a localização de Philly Falzone, e Kellerman e Hale conseguem uma ajuda inesperada para localizar LJ que está desaparecido. Verônica e Nick descobrem evidencias contra o homem que Lincoln diz ser o assassino.

Os fugitivos e a Dra. Tancredi ficam chocados quando descobrem a identidade do visitante de Michael, que trás com ela uma peça muito importante para o plano de fuga.

Com provas de que seu plano de fuga está funcionando, Michael agora tenta superar os limites verticais de seu último obstáculo. O grupo tenta se livrar de um de seus membros e sê volta contra T-Bag. LJ vai ao funeral de sua mãe, o que também conta com a presença do assassino dela. Verônica recebe uma ligação de uma fonte improvável que lhe dá novas pistas sobre a noite em que Terrence Steadman foi assassinado.

A execução de Lincoln se aproxima e Michael acelera o plano de fuga. Kellerman confronta Hale. Verônica usa a imprensa para anunciar um fato que pode provar a inocência de Lincoln.

Com o fracasso da tentativa de fuga, os prisioneiros terão que retornar às suas celas sem serem notados. A Dra. Sara pede ao governador que é seu pai um pedido de perdão. Verônica e Nick fazem uma apelação final ao juiz sobre o caso de Lincoln. E com apenas algumas horas até a execução de Lincoln, Michael planeja um eletrizante plano para mantê-lo vivo.

Um rosto do passado assombra Lincoln no dia de sua execução. Verônica exuma um corpo para provar a inocência de Lincoln. Michael trabalha como guarda enquanto formula um novo plano de fuga. E um misterioso homem revela detalhes sobre a conspiração.

Uma série de flashbacks de três anos atrás até o presente, revelam como Lincoln, Sucre, T-Bag, C-Note e a Dra. Sara chegaram à Penitenciária Estadual de Fox River, e o que levou Michael a iniciar seu elaborado plano para libertar seu condenado irmão da prisão.

Enquanto Michael se esforça para lembrar quais são as peças que estão faltando da planta do presídio, Warden Pope o coloca na solitária quando ele se recusa a revelar os nomes dos envolvidos. Lincoln teme pela sanidade de Michael. Sara está determinada a descobrir qual é o segredo de Michael. E Sucre terá que esconder o buraco do plano de fuga.

Transferido para a ala psiquiátrica, Michael tenta reconstituir sua tatuagem e busca fundo em sua memória pela parte faltante da planta da prisão. Bellick tenta leiloar a cela de Michael pelo preço mais alto. C-Note e T-Bag terão que se unir num jogo de pôquer com altas apostas, enquanto Manche, o primo de Sucre, aparenta guardar todas as cartas.

O misterioso homem se revela para Lincoln e a sua ligação com más companhias. Quando Michael descobre que Sara guarda a chave para o seu plano de fuga, ele decide levar o relacionamento deles para um outro nível. A penitenciária de Fox River se transforma num local de violência quando rostos familiares retornam. E Bellick talvez finalmente descubra toda a verdade.

Westmoreland usa Bellick para tapar um buraco do plano de fuga, o que força Michael a alterar o horário da fuga. Hesitante, Tweener jura sua lealdade à Michael e, em retorno, talvez consiga sua liberdade da prisão. Michael percebe que ele não terá outra escolha a não ser envolver Sara em seu plano e terá que trair sua figura paterna. E Verônica descobre que sua vida corre perigo pelas mãos de seu mais próximo aliado, que também tem uma surpreendente ligação com um prisioneiro da Fox River.

A Dra. Sarah questiona se ela deve deixar a luz acesa e a porta aberta para Michael, que terá que trair Pope para finalizar seu plano de fuga. Verônica encontra evidências que a levam até Montana, mas descobre que seu mais próximo aliado talvez seja o seu pior inimigo. Michael, Lincoln e os outros prisioneiros iniciam a fuga, mas após o alarme tocar, descubra quem irá conseguir pular o muro, quem será deixado para trás e quem deixará a prisão morto.

Enquanto a fuga está em progresso, Warden Pope e Capitão Bellick começam uma busca para deter os fugitivos. Michael e companhia precisam chegar ao avião antes da polícia. Verônica descobre uma pista importante que pode provar a inocência de Lincoln. O Vice Presidente está preocupado em perder sua autoridade.