Reese e Finch tentam salvar o código-fonte da Máquina antes que se deteriore e seja impossível reparar; Root luta pela sua vida contra agentes Samaritan; e Fusco enfrenta questionamentos pelas mortes de Dominic e Elias.

Uma falha faz com que a máquina forneça a Reese e Fusco números de pessoas que não estão envolvidos em crimes – e depois identifica Finch e Root como ameaças.

O disfarce de Reese fica ameaçado devido ao recente POI, que tem laços com seus ex-colegas da CIA.

Shaw consegue escapar de seus captores, mas a equipe se preocupa com seu estado mental quando ela começa a agir de forma paranoica e imprudente.

Reese protege um analista da NYPD quem está chamado a atenção de Samaritan através de sua investigação de uma falha de software; e um aliado de Elias ameaça Reese e Fusco.

Reese e Finch vão a um casamento para proteger dois POIs antes do seu matrimônio; e Fusco, irritado por ter sido excluído pela equipe, investiga uma série de relatórios de uma pessoa desaparecida.

Root se disfarça para proteger o apresentador de um programa de teoria da conspiração; e agentes Samaritan tentam convencer um membro da equipe que seus objetivos são nobres.

Reese e Finch ficam presos em um hospital que é o marco zero de um surto de vírus mortal; o mais recente recruta do Samaritano tem segundas intenções; e Shaw continua a lutar com a realidade.

O gênio do crime conhecido como "The Voice" prende Reese e Fusco em um recinto com membros de gangues armadas e a mais recente POI. Enquanto isso, Root faz uma descoberta chocante.

No 100º episódio da série, o número de Finch surge depois que um erro fatal revela sua identidade falsa, o que desencadeia uma série de encontros com agentes do Samaritano.

A equipe se envolve em uma conspiração quando o presidente dos EUA é indicado como a próxima POI; e Finch considera tomar medidas drásticas para combater Samaritano.

Reese e Shaw perseguem Finch, que pode pôr um fim a Samaritano, a ele próprio e à Máquina quando ele se infiltra em uma instalação de segurança máxima do governo.

Finch, Reese, Fusco e Shaw tentam impedir o Samaritano de destruir a Máquina e aumentar seu domínio sobre a humanidade.