Rodrigo consegue subornar e intimidar para fazer parte da eleição como Papa Alexandre VI, fazendo dele o novo líder da Igreja Católica.

O novo papa eleva seus filhos ao alto cargo, instalando Juan como chefe dos exércitos papais, Cesare como cardeal e Lucrécia como possível esposa de um aliado político.

Rodrigo busca fundos através de um casamento lucrativo para Lucrécia que o aliará a Milão. Micheletto recebe ordem de livrar seus clientes da ameaça constante representada por Della Rovere.

O casamento financeira e politicamente motivado de Lucrécia com o nobre milanês Giovanni Sforza é um desastre, graças à peça inapropriadamente obscena de Juan em homenagem a sua irmã, à ousadia de Cesare flertar com uma baronesa casada e à chegada da mãe ilegítima dos filhos de Bórgia.

Lucrécia, abusada, tem um caso com um belo cavalariço. Cesare faz uma barganha com Maquiavel para frustrar o plano de invasão de Della Rovere e garante que a baronesa Ursula se torne viúva.

Della Rovere chega à França e faz uma barganha com seu governante para invadir a Itália e instalá-lo no trono papal em troca do controle de Nápoles. Rodrigo tenta impedir a invasão através de uma aliança.

A invasão do rei Carlos da França e de Della Rovere prossegue com a vitória aparentemente inevitável quando os franceses saqueiam a cidade de Lucca e as potências italianas fogem para sua bandeira.

Os invasores capturam uma Lucrécia grávida e em fuga, enquanto marcham em Roma, mas ela encanta o rei Carlos e tem permissão para convencer seu irmão Juan a retirar suas tropas defensivas em desvantagem.

Abandonado até pelos cardeais, Alexandre encontra o rei Carlos com humildade e salva seu trono. Della Rovere se desespera quando Carlos o abandona. Lucrécia dá à luz um filho em um convento em segurança, enquanto os Bórgias garantem a anulação de seu casamento e planejam vingança contra seus inimigos.