Por ordem do Abade Abbone, e enquanto a morte continua a perturbar a vida da abadia, Guilherme pede aos monges para tentar esclarecer os fatos e todos os vestígios levam diretamente à biblioteca, uma espécie de labirinto inacessível do qual só bibliotecário conhece os segredos. Enquanto isso, o brutal inquisidor Bernardo Gui, dirigido à abadia com sua escolta armada, realiza um massacre sangrento em um refúgio de hereges Dolciniani, exterminando a família de Anna, filha de Dolcino e Margherita.