Chega da Alemanha Asuka Langley Soryu, a Segunda Criança e piloto do Eva 03. Acompanhando a garota está Kaji Ryouji, o ex-namorado de Misato, o que a deixa enfurecida. Ainda em alto mar, o sexto Anjo (Gaghiel) ataca. Shinji e Asuka, pilotando juntos o terceiro Evangelion, vencem o gigantesco inimigo.