Rei se sacrifica para derrotar o décimo sexto Anjo (Arumisael), mas estranhamente aparece apenas ferida no dia seguinte. Muitas questões são despertadas diante deste novo mistério. Misato e Shinji, através de Ristuko, descobrem que, na verdade, havia inúmeros clones de Rei e que os Evas também eram abastecidos por almas humanas.