Os membros da equipe do NCIS são o alvo de Paloma Reynosa, que está tentando se vingar de Gibbs.

A equipe do NCIS deve encontrar uma garota que foi sequestrada, mas a investigação revela algo a mais quando o avô dela se envolve demais.

A equipe do NCIS trabalha com o FBI quando descobre que uma especialista em bombas está envolvida em um assassinato.

A equipe se envolve em um incidente internacional quando investigam o assassinato de um oficial americano cujo corpo foi encontrado em um navio britânico.

A equipe investiga a morte de um DJ de rádio e um oficial da marinha que foram mortos durante uma transmissão. O trabalho é dificultado pela descoberta de diversos suspeitos.

Abby fica obcecada com a investigação do assassinato de um cientista da marinha e o resto da equipe se preocupa com ela. O novo amor de Tony traz dores de cabeças a ele.

A equipe fica surpresa quando Gibbs pede que o pai de Tony se junte a eles durante a investigação de um assassinato.

Parte 1: O pai de Ziva participa de uma conferência do NCIS e a equipe recebe a missão de protegê-lo. Porém, a visita ainda reserva algumas surpresas.

Parte 2: Depois de ser atacado a “casa segura”, a equipe procura respostas e o Diretor Vance, com risco de morte, tem um flashback de sua primeira missão em Amsterdã.

Quando um funcionário da Marinha que deveria testemunhar no julgamento de um assassinato desaparece de repente, a equipe de NCIS recebe e ajuda da polícia para encontrar a testemunha desaparecida. Tony enfrenta seus problemas.

O assassinato de um oficial em um navio turístico coloca a equipe de NCIS numa caçada por seu assassino — Gibbs e o NCIS se juntam ao Serviço de Investigação da Costa para solucionar o assassinato de um marinheiro baleado em um navio turístico.

Uma sessão de recrutamento numa faculdade tem um final trágico, levando a equipe de NCIS a investigar o crime. Conhecemos o legista antecessor a Ducky, Dr. Magnus (Bob Newhart) que veio ao NCIS na esperança de reaver sua memória.

A equipe do NCIS devem localizar a família da vítima e seu assassino quando um fuzileiro é encontrado morto em seu quintal após ter sido agredido até a morte. McGee tem problemas com o roubo de identidade.

A equipe deve investigar a morte de um comandante da marinha encontrado baleado e morto em um navio. A equipe terá que passar por uma avaliação psicológica obrigatória, relembrando grandes momentos, alegres e tristes, e uma surpresa será revelada.

Quando um fuzileiro morre para salvar o primeiro-ministro da Belgrávia de uma tentativa de assassinato, a equipe do NCIS recebe a missão de proteger a filha do ministro, que está estudando nos Estados Unidos, ao mesmo tempo em que investiga a morte do fuzileiro.

As pontas dos dedos e os dentes de um oficial assassinado são descobertos na bolsa de um ladrão, lançando o NCIS em uma missão para encontrar um criminoso com sangue frio.

O NCIS descobre que um de seus ex-assistentes, encontrado brutalmente esfaqueado, vendia informações sobre como roubar um depósito cheio de bens valiosos.

Gibbs está confuso em relação à ordem de Vance para reexaminar um garoto acusado de matar seu pai, um fuzileiro aposentado.

Um comandante da Marinha morre e deixa uma mensagem escrita com sangue para trás. Por isso, a equipe de NCIS liga a evidência a um manuscrito que contém informações que podem ser uma ameaça à segurança nacional.

O corpo de um marinheiro é encontrado embrulhado em plástico e totalmente limpo, características de um serial killer conhecido como "Port-to-port". Vance cria uma força-tarefa para capturar o assassino, a nomeando de Barrett como o investigador principal. Ziva fica abalada qundo descobre que seu namorado Ray é uma ligação secreta da CIA com NCIS. Depois de vários impasses e da descoberta de uma outra vítima, o episódio termina com Ziva e DiNozzo em um bar, descobrindo um olho humano em um copo.

A equipe investiga um assassinato de uma tenente no Pentágono, que foi gravado por uma câmera de segurança. As complicações surgem quando o próprio assassino é encontrado morto em um acidente de carro dois dias antes. Além disso, Agente EJ Barrett tenta resolver o mistério dos olhos do episódio anterior com ajuda de Palmer quando descobre que o olho azul é capaz de abrir o MTAC quando digitalizado.

Quando o ex-parceiro de Tony, Danny Price, é encontrado morto e provavelmente ligado ao Port-to-Port killer, o P2P, Tony volta para seus dias como um detetive e Baltimore, e narra seu primeiro encontro com Gibbs, ocorrido 10 anos antes.

Depois que novas provas revelam que o Port-to-Port killer se infiltrou na agência, as equipes de NCIS perseguem todas as pistas para rastreá-lo o mais rápido possível. NCIS está em alerta máximo quando alguém com laços pessoais com a equipe é a última vítima do P2P.

A vida dos membros de NCIS estão em perigo quando elas ficam cara-a-cara com o assassino de Port-to-Port, o P2P. Consequências recai sobre NCIS e mudanças significativas são feitas.