Abalado com a morte de Minato, Kakashi trai o Terceiro Hokage e se alia à Fundação de Danzou. No entanto, lá ele conhece um menino capaz de usar o Estilo Madeira, um Ninjutsu raro que apenas o Primeiro Hokage conseguia utilizar. Agora ele precisa descobrir a verdade sobre as células de Hashirama e, para isso, deve entrar na biblioteca do Terceiro em busca de respostas.