No ano 72 da Era Cósmica, o Tratado de Junius encerrou a hostilidade entre ZAFT e a Aliança da Terra. O tratado proíbe o uso de armas nucleares e limitam o uso de forças armadas de ambos os lados. No entanto, ainda há tensão entre Coordinators e Naturals, e a paz continua sendo frágil.

Com o ataque ao arsenal 1, Athrun utiliza um mobile suit da ZAFT para levar Cagalli a um local seguro. Os três Gundams roubados lutam contra o ZAKU de Athrun, que é resgatado pelo Impulse Gundam, pilotado por Shinn Asuka da ZAFT.

Shinn e Roanoke têm dificuldades contra Neo Roanoke, o comandante inimigo. Para ajudar os pilotos, a capitã Talia Gladys ordena que a nova nave de combate, Minerva, zarpe do arsenal 1 para se unir ao combate. As forças inimigas recuam e o Minerva persegue.

Minerva segue ao cinturão de detritos que cerca a Terra e envia Shinn e Lunamaria Hawke para perseguir a nave-mãe inimiga. No entanto, Neo fez os pilotos da ZAFT seguirem um chamariz.

A bordo do Minerva, o presidente Durandal recebe as notícias chocantes. As ruínas de Junius Seven, a PLANT destruída no infame Fevereiro Sangrento saiu de sua órbita estável e etra em rota de colisão com a Terra.

O Minerva lança os mobile suits para dar apoio à equipe de demolição de Yzak. Shinn, Rey, Lunamaria e Athrun se unem à batalha contra o grupo misterioso que pôs Junius Seven em rota de colisão com a Terra.

Apesar dos esforços heroicos da tripulação, o Minerva não conseguiu evitar o desastre, e fragmentos de Junius Seven causaram grandes estragos a Terra. O Minerva recuperam Shinn e Athrun na descida à Terra e rumam a Orb para que Cagalli volte a sua nação e para consertar os danos sofridos.

Quando o Minerva chega a Orb, Cagalli retoma suas funções como presidente. O ministro Unato Ema Seiran relata os danos causados pela queda de Junius Seven e pede que a aliança com a Federação Atlântica seja aprovada.

A Federação Atlântica e seus aliados declaram guerra às PLANTs em resposta à queda de Junius Seven. Embora o presidente Durandal ainda queira uma resolução diplomática, a ZAFT é mobilizada para defender as PLANTs.

O presidente Durandal conta para Athrun os detalhes do último ataque das Forças da Terra às PLANTs. Abrindo mão do codinome Alex Dino, Athrun assume sua verdadeira identidade e pede que Durandal não deixe o conflito virar outra guerra.

O conflito continuam aumentando de proporção conforme as Forças da Terra cercam as bases da ZAFT em Gibraltar e Carpentaria, e o Conselho Supremo das PLANTs decide retaliar em defesa. Apesar de suas intenções, Cagalli cede aos ministros e Orb se alia à Federação Atlântica.

A tripulação do Minerva encontra uma frota das Forças da Terra esperando logo além das fronteiras de Orb, e precisa abrir o caminho. Enquanto Rey e Lunamaria defender a nave, Shinn se engaja em um combate aéreo contra os mobile suits das Forças da Terra, mas a situação muda quando o inimigo mobiliza um mobile armor com um escudo refletor de pósitron, capa de resistir ao tannhauser do Minerva.

Graças às proezas em combate do Shinn, o Minerva supera as Forças da Terra. A nave segue rumo à Carpentaria enquanto o governo Orb oficializa a aliança com a Federação Atlântica.

Diante da tentativa de assassinato contra Lacus, Kira e seus amigos percebem que foram alvo do governo das PLANTs. Kira recebe uma carta de Cagalli, em que ela conta que pretende se casar com Yuna e pede que o anel de Athrun seja devolvido.

A bordo do Archangel, Cagalli repreende a tripulação por raptála no meio do casamento. Kira devolve o anel do Athrun a ela e pede que Cagalli se una a eles para uma resposta melhor aos problemas do mundo.

Conforme Minerva navega pelo Oceano Índico, ele chama a atenção de um velho inimigo, Neo Roanoke da força-tarefa de elite Phantom Pain. Neo pede auxílio das Forças da Terra próxima e inicia um combate aéreo contra o Minerva.

Em fuga, o Archangel se esconde debaixo d'água no Reino da Escandinávia, que se mantém neutro. A bordo, Kira e seus amigos ponderam sobre os planos futuros.

Conforme Minerva se aproxima do portão de Lohengrin, Athrun explica o plano de combate aos demais pilotos. Enquanto o Minerva e os soldados da base Mahamul chamam a atenção das Forças da Terra, um piloto atacará o canhão de pósitron por um túnel escondido.

O Minerva continua no Mar Negro e atraca em Diocuia. Recém libertada do controle das Forças da Terra, Diocuia é a última parada da turnê de Meer Campbell para motivar as forças.

Este episódio reconta a história de Shinn. Durante a guerra anterior, Shinn e sua família viviam em paz em Orb, mas mesmo a nação neutra acabou se envolvendo no conflito.

Depois do encontro com o presidente Durandal, os pilotos do Minerva recebem um dia de folga, com direito a quartos privados em um hotel de Durandal, e Athrun recebe uma visita inesperada. Os pilotos também conhecem Heine Westenfluss, um membro da FAITH que foi designado como novo piloto do Minerva.

Cedendo à pressão das Forças da Terra, o governo de Orb aceita entrar em combate contra a ZAFT. Comandados por Yuna Roma Seiran, uma força da Orb vai dar apoio à Phantom Pain de Neo Roanoke.

A batalha entre o Minerva e a frota da Orb é interrompida pelo Freedom de Kira. Cagalli entra em combate e ordena que as forças de Orb parem, mas Neo pressiona Yuna a continuar, sem reconhecer que as ordens vieram da Cagalli de verdade.

Danificado, Minerva recua a um porto do Mar de Mármara para manutenção. Perturbado pelo caos que seus antigos companheiros criaram na luta, Athrun resolve sair do Minerva e buscar o Archangel para falar pessoalmente com Kira.

Athrun arranjou um encontro com Kira e Cagalli, mas eles não conseguem se entender como antes. Mesmo ao saber da tentativa de assassinato contra Lacus, Athrun ainda acredita nas boas intenções do presidente Durandal e volta ao Minerva depois de pedir que evitem que Orb se envolva na guerra.

Depois de partir sozinho para o laboratório de Lodônia, Stella Loussier é capturada pelos pilotos do Minerva. Shinn leva Stella ferida a bordo do Minerva, mas os médicos não podem fazer muita coisa por conta de sua fisiologia anômala.

Mesmo com Neo se preparando para outro ataque contra o Minerva, a ZAFT está no encalço do Archangel. Enquanto o presidente Durandal supervisiona a busca por Lacus, a capitã Gladys do Minerva recebe relatos sobre o encontro secreto entre Athrun e Kira e Cagalli.

Enquanto o Minerva tem dificuldades contra as Forças da Terra e de Orb, Freedom e Archangel aparecem de novo no campo de batalha. Cagalli insiste para que as forças de Orb encerrem o combate, mas Yuna ordena que o ataque prossiga.

Lacus volta ao espaço para se unir a seus aliados a bordo do Eternal, agora escondido em um aglomerado de asteroides. O presidente Durandal ordena que a busca por Lacus continue, insistindo que ela é uma impostora.

Depois da batalha em Creta, o Archangel acolhe os sobreviventes da frota de Orb, que pedem para se unir a Cagalli. Enquanto isso, Minerva está em reparos antes de seguir para Gibraltar.

Shinn e Rey levam Stella de volta a seus aliados para salvar sua vida. Como punição por não cumprir as leis militares, os dois são detidos enquanto a liderança da ZAFT decide o que será feito.

Destroy avança para Berlim, destruindo todas as cidades em seu caminho. O Archangel chega para enfrentar o Destroy, mas nem mesmo o Freedom é páreo para seu poder esmagador.

Depois de pôr o corpo de Stella para descansar, Shinn volta ao Minerva com uma nova determinação. Ao visitar o quarto de Shinn, Athrun vê que ele e Rey estão fazendo simulações de combate contra o Freedom.

O presidente Durandal revela a existência da Logos ao público, e deixa o mundo todo em confusão. Kira e Cagalli temem que agora Orb esteja em perigo, e voltam para lá com o Archangel.

Mesmo que o Archangel tenha escapado do ataque do Minerva, o Freedom foi destruído, e a nave também está bastante danificada. Depois de recuperar o Kira, Archangel segue a Orb, enquanto Shinn volta ao Minerva e é recebido como herói.

O presidente Durandal, ao lado de Meer Campbell, apresenta novos mobile suits a Athrun e Shinn. Shinn fica encantado com o presente, mas Athrun ainda não aceita a ordem de ataque ao Archangel.

Athrun e Meyrin fogem de Gibraltar com o mobile suit roubado, enquanto Shinn e Rey perseguem com Destiny e Legend. Sob a alegação de terem roubado informações confidenciais, o presidente Durandal ordena que Shinn e Rey abatam os dois.

A ZAFT se reúne na base Heavens esperando a reposta das Forças da Terra ao ultimato do presidente Durandal. A bordo do Minerva, Lunamaria canaliza sua dor contra a Logos, enquanto Shinn tenta consolá-la.

ZAFT toma a base Heavens e descobre que Durandal fugiu, então o presidente Durandal ordena que ele seja prseguido. A bordo do Archangel, Kira lamenta sua impotência e pensa no que virá a seguir.

Shinn e Rey recebem medalhas de honra ao mérito pelas conquistas na base Heavens, e o presidente Durandal os condecora como membros da FAITH. No entanto, uma nova crise começa, pois ZAFT descobriu que Djibril se refugiou em Orb.

Cagalli muda a maré da batalha no mobile suit dourado, Akatsuki, mas agora se vê diante dos reforços do inimigo, o Minerva e o Destiny. Mesmo com o Archangel correndo a seu auxílio, Kira e Lacus voltar com novos mobile suits.

A ZAFT renova o ataque contra a Orb. Shinn e Rey entram no campo de batalha com Destiny e Legend, e Athrun ajuda Kira a bordo co novo Justice. Enquanto os quatro mobile suits se enfrentam, a situação muda quando Gladys ordena a retirada da ZAFT.

A verdadeira Lacus Clyne se mostra ao mundo e a impostora é exposta. Enquanto presidente Durandal manda Meer Campbell se esconder, a ZAFT e seus aliados se debatem com essa nova revelação.

Embora o canhão Réquiem não tenha atingido Aprilius conforme o desejado, ele provocou a destruição das PLANTs ao redor. Em resposta a isso, ZAFT manda sua frota lunar atacar a primeira estação de retransmissão do Réquiem, enquanto o Minerva se apressa para a base Daedalus para apreendê-lo.

Com a base Daedalus tomada pela ZAFT, a morte de Djibril e as estações de retransmissão do Réquiem sob controle da ZAFT, a vitória do presidente Durandal parece ser absoluta. Enquanto o mundo aguarda os próximos passos de Durandal, Archangel vai a Copernicus para monitorar a situação.

Lacus e seus companheiros voltam ao Archangel com o corpo de Meer Campbell. Agora que Meer deu a vida para salvar Lacus, Athrun se envergonha de perceber como sabia pouco sobre ela.

A paz frágil é destruída, conforme o mundo novamente é colocado em tumulto pelo Plano do Destino do Durandal. Para eliminar conflitos e garantir a paz eterna, Durandal pretende usar análise genética para determinar a missão de vida de todos.

Ao usar o canhão Réquiem contra a base Arzachel, o presidente Durandal mostrou que destruirá todos que se opuserem ao Plano do Destino, e Orb será o próximo alvo. A frota espacial de Orb ataca a base Daedalus antes que o Réquiem possa disparar de novo, enquanto Archangel e Eternal tentam destruir a primeira estação de retransmissão.

Depois de eliminar a primeira estação de retransmissão do Réquiem, Archangel e Eternal se apressam para a Lua para se unir ao ataque, mas têm o caminho interceptado pela fortaleza Messiah. Kira diz para Athrun e Archangel continuarem para a destruição do Réquiem, enquanto o Eternal fica e lida com Messiah.

Kira confronta o presidente Durandal, que parece estar pronto a aceitar seu destino.