Mila e sua mãe, Elis, têm uma discussão acalorada que é interrompida pela chegada dos Operadores. Elis decide fugir, mas não sem antes deixar para Mila seu presente de aniversário muito particular: um dispositivo que lhe permite viajar pelo vasto multiverso. Ao encontrar este presente de sua mãe, Mila, sem querer, viaja para outro Universo.

Mila encontra Pierre, um conhecido de seu próprio universo que tem sua consciência segmentada por todo o multiverso. Ela também encontra diferentes versões de velhos conhecidos: Juliana e Vinícius. Nessas condições, Mila pretende voltar à normalidade. A primeira etapa será recuperar o P.O.L.E.N.

A operação para recuperar o P.O.L.E.N. e OCTAVIO funciona, mas devido a um erro involuntário, Mila e Juliana ficam momentaneamente presas e, sem querer, descobrem que a Diretora foi sequestrada. Mila, com o P.O.L.E.N. já em mãos, consegue falar brevemente com Elis. Ela diz que Mila está em grande perigo naquele Universo, e deve voltar para casa imediatamente.

Mila é obrigada a dizer aos amigos que não pertence àquele universo e que sua mãe está em perigo. Determinados a ajudar, Mila, Pierre, Vinícius e Juliana encontram o esconderijo dos Operadores e descobrem a verdadeira intenção deste perigoso grupo.

O grupo de amigos fica surpreso com o que ouviram: todo o universo está em perigo! Mila, sem perder a calma, lidera o grupo e pede ajuda à única pessoa que ela conhece que poderá ajudá-los. Elis, apesar de estar em perigo, pede ao grupo que fuja para o Túnel de Cobre. Eles precisam pensar em uma maneira segura de encontrar e chegar ao Túnel.

Enquanto Mila, Pierre e Juliana dormem, Vinícius encontra o Túnel de Cobre, mas não sabe onde fica a porta. Mila pensa que talvez a Mila daquele Universo saiba onde está a porta que eles estão procurando, e ela pede para Pierre que as comunique. Enquanto isso, no Universo I, Mila II e Elis X se divertem.

Mila e Vinícius chegam à estufa pelo Túnel de Cobre. O Operador Zero os pega localizando o P.O.L.E.N. de Mila com um dispositivo projetado para escanear o multiverso, e revela a Mila que seu objetivo não é destruir o Universo Alquímico, mas todo o multiverso. Para impedi-lo, Mila precisará de informações que só Elis I possui.

Com o Universo Alquímico em crise, Mila e seus amigos precisam alcançar as profundezas do Fogo Eterno para frustrar os planos malignos dos Operadores. Mas o Operador Zero não está disposto a ceder, usará todos os seus recursos para impedir que Mila alcance seu objetivo de salvar o Multiverso.