Ao tentar tirar os Skraaldianos dos esgotos de Nova York, Jay usa seu Noisy Cricket em um deles e o mata. O problema é que todos os Skraaldianos estão psiquicamente ligados e sabem o que Jay fez. E cada um deles irá atrás dele para acertar as contas.

Jay e Kay investigam uma nave alienígena acidentada na floresta quando encontram Treblor, um policial alienígena do Departamento de Recuperação Zombarian. Treblor diz que o dono da nave acidentada é um fugitivo chamado Z-Ron. Enquanto Jay sai na frente para pegar Z-Ron, Kay descobre que nem tudo é o que parece.

Um Charnok tem que vir à Terra e saquear a loja de penhores de Jeebs, bem como caçar o confiável informante do MIB, Frank o Pug. Depois de alguma investigação, Jay e Kay descobrem que o Charnok estava tentando comprar um Núcleo de Densidade do Vazio de Jeebs, que não queria vendê-lo. Frank fugiu com ele durante a luta e acidentalmente o engoliu. Agora, o MIB tem que tirar o VDC dele antes que ele detone e sugue a cidade para um buraco negro em miniatura.

Investigando o roubo de um coração Sintiliano, Kay descobre que o culpado é Alpha, seu antigo mentor e o homem que o deixou para morrer anos atrás. Mas Jay e Kay descobrem que Alpha agora tem várias partes do corpo enxertadas em seu corpo, tornando-se ainda mais perigoso.

Jay se disfarça de guarda-costas Tarkan em uma conferência alienígena para proteger Dirndl, Ministro do Comércio de Tarka, de um assassino alienígena.

Ao tentar deter ladrões alienígenas conhecidos como Chop Shoppers, o uso acidental do Neuralizador por Jay apaga as memórias de Kay e o faz pensar que tem dezesseis anos.

Quando Kay é infectado com Millicrons, Jay toma seu lugar em uma missão para transportar um simbionte chamado Troy para a cidade de Nova York. Ele tem que fazer isso em vinte horas ou será permanentemente absorvido por Troy. Mas Buzzard retorna e está procurando capturar o simbionte para seu misterioso chefe.

Um Inanimado, um metamorfo capaz de se disfarçar de objetos inanimados, escapa da prisão para a Terra. Mas o MIB recebe ajuda de Eileen, uma policial intergaláctica que desperta alguns sentimentos antigos por Kay.

Um Alcidiano insano chamado Forbus está caçando humanos, drenando seus fluidos corporais. Mas durante a perseguição, Forbus forma um elo psíquico com Kay, fazendo-o sentir o que quer que ele sinta.

Jay confunde um Cerebro-Accelerator com um par de fones de ouvido, tornando-o o homem mais inteligente da Terra. No entanto, isso também fará com que seu cérebro exploda em vinte e duas horas. Mas seu cérebro avançado é a única esperança do MIB quando alguém usa a viagem no tempo para apagar os cinco fundadores do MIB da existência.

Devoradores de sonhos alienígenas conhecidos como Vermax atacam a tripulação de um ônibus espacial da NASA que retornava. Quando Jay, Kay e Elle chegam ao local de pouso, um Vermax se prende a Jay e o faz dormir profundamente. Elle entra nos sonhos de Jay para fazê-lo acordar e remover o Vermax.

Os Blastula estão aumentando a temperatura da Terra em seu plano de colonizar o planeta.

Dr. Lupo e outros internos da ala prisional do MIB conseguem escapar e incapacitar a maioria dos MIB. Apenas Jay e os vermes podem salvar o dia.