Héricles é um rapaz tímido do interior que chega no Rio de Janeiro para estudar e vai trabalhar na Academia Malhação, na Barra da Tijuca, o point entre os jovens que querem treinar, ter aulas de dança e artes marciais ou apenas se encontrar na área social. Lá ele conhece Isabella, uma bailarina que se apaixona por sua ingenuidade e bom coração, mas eles tem que lidar com Romão, lutador de jiu-jitsu e namorado da moça, que não aceita perde-la, ainda mais para alguém tido por ele como um "caipira".

Nessa fase, Paula Prata vende a academia para Ferraz, um rico empresário. Ele morre em seguida, e os negócios ficam nas mãos de sua filha, a professora de futevôlei Joana, e de sua ex-mulher, Zizi, uma ex-manicure despachada, que é desafeto da enteada. O conflito de temperamentos das duas acaba se refletindo na administração da academia. Tempos depois, Zizi parte em uma viagem para o Tibet e deixa em seu lugar o sobrinho Raul, o Badboy da primeira temporada. Mau-caráter, o jovem comete falcatruas na administração da academia e influencia Luiza numa fase rebelde.

Vudu é um jogador de futebol de 20 anos em ascensão, que vê a carreira ameaçada ao se contundir e ter que passar por uma operação, fazendo fisioterapia na Academia Malhação para poder voltar logo aos gramados. Lá ele conhece Patrícia, uma moça rica, mimada e afrontosa, que não leva desaforo pra casa e foi apelidada de "Lorão" – mistura de "loira" com "explosão", pelo seu cabelo e temperamento. Os dois se odeiam a primeira vista, mas com o tempo se apaixonam e passam a viver uma cômica relação de amor e ódio, uma vez que ambos nunca dão o braço a torcer e querem ter sempre a última palavra. O relacionamento afeta a vida de Magali, menina batalhadora que tenta se estabelecer no mundo e era namorada de Vudu até então, passando a viver entre indas e vindas com ele durante os términos com Patrícia.

O estudante de cinema Bruno sonhava em ser piloto de Fórmula 1 como seu irmão, Guga, porém foi desestimulado por ele à pedido da mãe, Dulce, que temia ambos os filhos envolvidos num esporte com risco de vida tão grande. Quando Guga morre em uma corrida, sua namorada Alice volta ao Brasil para reconstruir a vida e se apaixona por Bruno sem saber que ele é irmão do falecido piloto. Ao descobrir a verdade e ainda que todos a culpam pela morte do rapaz – por ela ter sido a maior incentivadora de sua carreira – Alice entrega para Bruno uma carta que revela o pedido da mãe e que o irmão queria que ele seguisse seus passos.

A primeira fase da temporada se passou em um único cenário: o apartamento de Mocotó, conhecido como "Muquifo". O rapaz começa a escrever um blog em homenagem a antiga academia Malhação na internet. Na segunda fase, Romão ressurge com sua namorada, Priscila, dizendo que leu o blog de Mocotó e lhe propõe sociedade para reabrir a academia Malhação.

Após a demolição da academia Malhação, o professor Paulo Pasqualete compra toda a área do quarteirão e ergue uma filial do conceituado colégio Múltipla Escolha, onde adolescentes da classe média alta carioca – divididos em salas do primeiro, segundo e terceiro ano do Ensino Médio – estudam e convivem em seus assuntos diários. Pasqualete, que precisa gerenciar toda rede de escolas, coloca como diretora sua filha Isabel, moça de 22 anos recém-formada em geografia que tem que aprender a lidar com o alto cargo tão cedo. Ela namora o bondoso professor de matemática Vitor, mas é também disputada por Guto, professor de educação física arrogante, mas sensual, por quem ela fica estremecida pelo porte físico.

Na volta ás aulas um dos principais pares românticos da temporada é formado por dois novos professores: Linda e Afonso. Afonso é professor de história, viúvo e pai de três filhos: Marcelo, Cabeção e Fernandinho, o caçula. Linda dá aulas de geografia, mora com a filha Bia e cria a sobrinha Joana. Em pouco tempo, Linda e Afonso se apaixonam e vão morar juntos, reunindo os cinco filhos adolescentes. Joana e Marcelo também começam a namorar, mas o romance é ameaçado pelas intrigas de Bia, que também se apaixona pelo rapaz e faz o que pode para afastá-lo da prima. No final da temporada, entretanto, Marcelo é aprovado no vestibular para uma universidade no Espírito Santo, e Joana decide viajar com ele.

Um novo ano letivo chega no colégio Múltipla Escolha, com vários alunos se juntando aos conhecidos. A família Malta tem uma grande surpresa: Bia volta da Europa grávida de seis meses do marginal Perereca. Paralelo a isso, o professor Afonso vira diretor do Múltipla Escolha. O empresário Renato Ferreira acaba colocando sua família em risco (sua esposa Vera, e os filhos Gui, Léo e Gabi) ao ser acusado injustamente de ter desviado dez milhões de dólares dos planos de saúde, dinheiro este que seria revertido para hospitais e medicamentos. Os irmãos Gui e Léo se apaixonam por sua velha amiga de infância Nanda, que volta do Nordeste mais bonita e sem aparelho nos dentes, que virou atração no primeiro dia de aula. Inicialmente, Nanda namora Léo, mas o namoro entra em crise quando ele descobre na festa junina do colégio que Nanda era apaixonada por Gui, e que só ficou com Léo para fazer ciúmes em Gui.

A trama de 2002 gira em torno de um tema forte: erro médico. As famílias Miranda e Rodrigues formaram dois núcleos tendo Pedro e Júlia como protagonistas. Pedro Rodrigues tem um espírito livre, é irreverente e esportista. Júlia Miranda é sóbria, bem-comportada e mais estudiosa. Embora vivam trocando farpas, os dois são muito atraídos um pelo outro e estão sempre na iminência do romance. Pedro mora com o pai, César Rodrigues, um viúvo ex-campeão de surfe e famoso apresentador de um programa de esportes radicais. Com eles também mora a adolescente Kailani, fruto de um rápido romance de César com uma surfista havaiana. Os três levam uma vida harmoniosa e de companheirismo.

A grande história de amor em 2003 ficará por conta de Victor e Luísa. Os destinos de ambos vão se cruzar quando suas fotos forem trocadas em uma loja. Um se apaixonará pela imagem do outro. Será amor à primeira vista? Só que Rômulo, pai de Victor, morrerá depois de salvar o repórter Paulo Viana, pai de Luísa, em um acidente de carro. Esse conflito fica ainda maior com as vilanias de Carla, prima de Luísa, que é apaixonada pelo rapaz. É nesta fase que Murilo, Miyuki e Kiko aparecem, Solene e Beto adotam um bebê e Taíssa conquista de vez o coração de Maumau, depois de ter tentado um ano inteiro separar o casal Pedro e Júlia, que conseguiram se acertar e ficarem juntos. Pasqualete volta ao cargo de diretor do Múltipla Escolha, pois as finanças do colégio estão atrasadas, Afonso pretende se dedicar a outros projetos de vida e Daniela vai fazer um curso no exterior.

Gustavo é um garoto rico, guitarrista de uma banda e encrenqueiro número um da escola. Ele se envolve numa brincadeira que culminou com o acidente trágico do jovem Fabrício em um estaleiro, que sofre uma queda e entra em coma. Por ter o seu pai como defensor, é condenado apenas a prestar serviços comunitários. Quem vai parar atrás das grades é Cadu, irmão mais velho de Letícia, um rapaz revoltado com sua condição social e que tem vergonha do trabalho do pai. Gustavo escapa da cadeia, porém, devido aos serviços comunitários, passa a conviver com Letícia também fora do Múltipla Escolha, já que ela está envolvida em vários trabalhos de assistência social.

Bernardo é um rapaz sonhador, que logo se encanta por Betina. Depois de muitos encontros e desencontros, consegue se aproximar da menina e descobre mil afinidades. Os dois só se separam quando Betina precisa viajar. Ela sonha em filmar um documentário na Amazônia e, agora, tem sua chance. O que o casal não poderia imaginar é que uma simples falta de comunicação poderia ter conseqüências duradouras. É que Bernardo ouve um recado de Léo, um antigo amigo de Betina, na secretária eletrônica de sua amada e fica arrasado. A menina ainda se esforça para explicar, mas Bernardo, impulsivo por natureza e irado de ciúmes, sai sem querer ouvir. Desolado, ele dirige sua moto e atropela Jaqueline, perdendo seu celular, o que faz com que Betina viaje sem esclarecer o mal entendido. O primeiro encontro entre Jaqueline e Bernardo é meio desastroso, porém, depois deste, vem uma série de acontecimentos e eles acabam se conhecendo um pouco mais.

Durante um campeonato no Múltipla Escolha, Cauã conhece a também skatista Manuela Prado, que, mais tarde, descobre ser sua vizinha. Eles se apaixonam, mas o romance é ameaçado pelo ex-namorado da moça, Eduardo Andrade, o líder do grupo de skatistas Largados. Ele vê Cauã como uma ameaça nas pistas e no amor, e faz tudo para prejudicar o rival.

Estudando o último ano do Ensino Médio, Marcela sonha ser pediatra, porém seus pais, Arnaldo e Alaíde – que emergiram da pobreza e se tornaram ricos graças à empreendimentos certeiros – desejam que ela se torne uma renomada advogada e ascenda na alta sociedade. Eles fazem de tudo para a filha namorar o milionário Jaguar, mas ela acaba se apaixonando por André, um bolsista que se divide entre o trabalho de garçom e mecânico para ajudar a família, fazendo com que o playboy e os pais da garota infernizem a vida do casal.

A história começa com a fusão do colégio Ernesto Ribeiro ao Múltipla Escolha. Essa ideia surgiu de Félix Rios e Diva Junqueira, sócios do colégio Ernesto Ribeiro. A ideia é bem aceita por Adriano, diretor do Múltipla Escolha. Angelina Maciel é uma jovem pobre, que estuda no colégio como bolsista e Gustavo Bergantin é um jovem rico. Eles se conhecem em uma festa, e se apaixonam. Eles voltam a se encontrar na escola, no primeiro dia de aula. Gustavo, portanto teme que seus amigos descubram que ele namora uma bolsista. O casal descobre que eles tem em comum o gosto pela música, e isso faz com ele se reaproximem. Porém Débora, que é apaixonada por Gustavo, tenta fazer de tudo para separá-los, contando com a ajuda de sua amiga Yasmin em muitas armações.

Os veteranos do Colégio Múltipla Escolha decidem passar suas férias em Canoa Quebrada, para se divertirem no Beach Stage Festival e lembrarem dos bons momentos que passaram no colégio, o qual foi a falência. Yasmin é uma das atrações do festival de música, no litoral do Ceará. Domingas vai ao local credenciada para a cobertura do evento, como estagiária do site do programa Tudo Teen. Com elas também desembarcam na cidade Fernandinho, Bruno e Felipa.

Bernardo e Cristiana são dois jovens determinados, de mundos bem diferentes. Bernardo é filho de Paulo Roberto Oliveira, e junto com Beto, Bia e Tati, formam o quarteto mais "temido" no colégio Primeira Opção. Cristiana é filha de Antônio Araújo, caseiro de Paulo Roberto, e irmã de Fernanda Araújo. Com o passar do tempo eles perceberão que foram feitos um para o outro, mas Bia, Tati e Nanda são apaixonadas por Bernardo e vão fazer de tudo para afasta-los. Mais tarde, Tati vai desistir de conquistar Bernardo, e Bia e Nanda se unem para afasta-los. Se conseguissem, era cada uma por si para ficar com Bernardo. Elas conseguiram, e Cris e Bernardo se separaram, porém continuaram morando na mesma casa.

Pedro e Catarina são dois jovens de características e vidas diferentes, que porém terão seus destinos entrelaçados. O primeiro é um disk jockey que trabalha em todos os tipos de festas com toda a alegria do mundo em busca de conseguir seu próprio dinheiro. Pedro vive sendo assediado pela sua amiga, a oportunista Ângela. O jovem, em busca de grana, resolve se candidatar a DJ de uma festa em um parque de diversão, este promovido por Catarina. Catarina é uma jovem estudiosa, determinada e dominadora, que vive mandando nos irmãos mais novos, o mulherengo Fred e a skatista Duda, esta última que acaba vivendo um triângulo amoroso com o ex-namorado Eric (que já foi namorado de Catarina) e sua melhor amiga, a espevitada Joseane, que começa a se encantar por Eric, este ainda namorando sua melhor amiga. Catarina reside em um apartamento de luxo na Zona Sul do Rio de Janeiro junto a sua mãe, a médica Cláudia, o pai empresário Fausto, e avô divertido Agenor.

Gabriel é um jovem universitário cuja principal característica é a sensibilidade extrema para assuntos paranormais. O rapaz tem um blog onde publica suas investigações e conclusões sobre casos misteriosos. Ao mudar-se para o Rio de Janeiro para cursar faculdade de História, ele acaba encontrando vaga para morar no apartamento de Babi e Cristal e engata um romance com esta última. Mas, no futuro, Gabriel vai descobrir uma ligação estranha com Alexia. A moça ocupava anteriormente o quarto alugado por ele e foi embora intempestivamente depois que o antigo namorado, Douglas, morreu num acidente de moto. O caso, aliás, também é cheio de mistérios, já que seu corpo nunca foi encontrado e ele vive aparecendo para a namorada em sonhos esquisitíssimos. Alexia e Gabriel, sem nem mesmo se conhecerem, começarão a sonhar um com o outro e com o tal número 1046.

A trama da nova temporada de Malhação se passa no Colégio Quadrante, ponto inicial da trama. Ju é uma jovem descolada que é apaixonada pelo mundo da moda, e que mora com o irmão mais velho, o universitário Bruno, após a mudança dos pais para Brasília. Ju é apaixonada por Dinho um jovem mulherengo que só pensa em curtição e que não liga para relacionamento sério com nenhuma garota. Ju, porém, vê nele o grande amor de sua vida, mesmo sendo constantemente desiludida por Lia, sua melhor amiga que já se envolveu com ele e insiste que o garoto não é o homem ideal para a amiga.

O tema principal é a família moderna brasileira. Casados há dez anos, Vera e Ronaldo se mudam para um casarão no Grajaú, zona norte do Rio de Janeiro, junto com filhos de casamentos anteriores. Ela foi casada com Caetano, com quem teve Anita e Sofia, enquanto ele foi casado com Cícera e é pai de Giovana, Vitor e Ben – o único que preferiu morar com a mãe nos Estados Unidos após a separação – tendo ainda juntos o pequeno Pedro. A vida pacata da família muda quando Ben volta para o Brasil morar com eles e as duas filhas de Vera se interessam pelo rapaz, colocando-as em rivalidade.

A trama desta temporada de Malhação se passa na Academia de Artes Marciais do Gael e na Escola de Artes Ribalta. A temporada conta a história de amor entre Duca, que sonha em ser um grande campeão de muay thai, e Bianca, que sonha em ser uma atriz tão boa quanto sua mãe era antes de falecer. Mas a confusão começa quando Karina, irmã de Bianca e aluna de muay thai, também se apaixona por Duca, e quando descobre que sua irmã está namorando com o mesmo, inicia uma guerra com ela. Duca e Bianca terão de enfrentar diversos outros obstáculos e dilemas da fase adulto-juvenil, tais como a primeira vez de Bianca.

Rodrigo, Lívia e João são filhos de Miguel e Ana Lúcia. Rodrigo, é o filho do meio, é estudioso e o orgulho dos pais. O mais velho, por sua vez, é aventureiro e largou a escola para seguir a carreira musical, dando uma dor de cabeça para a família. Já a menina é afetiva, inteligente, porém um pouco solitária. Luciana namora o vizinho Luan, mas a relação dos dois vai mudar muito quando entrarem na escola Leal Brazil, a melhor da cidade. Ela vai enfrentar preconceitos e perseguições por conta de um conflito com Rodrigo, o mais popular do colégio.

Joana, moça otimista e batalhadora, não se deixa abalar diante dos obstáculos da vida. É nas paradisíacas terras cearenses que ela cruza os olhos pela primeira vez com Gabriel. Competitivo e viciado em endorfina, ele sempre tenta ver as situações pelo lado positivo, mas às vezes o orgulho não deixa enxergar muito além dos próprios desejos. O encontro de Joana e Gabriel será uma conturbada obra do destino que, mais para frente, tratará de aproxima-los novamente. Desta vez, em um novo cenário: o Rio de Janeiro. Órfã de mãe e disposta a não se submeter mais aos mandos e desmandos do padrasto, Joana decide sair de casa e parte rumo à Cidade Maravilhosa. Ela tem a esperança de encontrar novas oportunidades e, quem sabe, construir laços familiares.

Cinco jovens, que se conhecem por acaso em um vagão do metrô, descobrem juntas como pode ser enriquecedor viver, confrontar e celebrar suas diferenças. Não importa o que as define: rica, crânio, rebelde, tímida ou uma mãe adolescente.

Gabriela Fortes é uma professora absolutamente apaixonada pela profissão. Sua vocação vai além do ofício, está estampada na alma. Corajosa, traz consigo a jovem idealista do passado, que esperava mudar o mundo através do seu trabalho em sala de aula. Há anos ensina Português e Literatura no Colégio Sapiência, escola particular de Botafogo, zona sul do Rio de Janeiro. Apesar de muito envolvida com seus alunos, a cada dia fica mais evidente sua necessidade de se dedicar a um sonho antigo: contribuir com a educação de adolescentes carentes, fazer a diferença na vida destes jovens, dando a eles uma possibilidade de um futuro diferente. E é exatamente por ter muita coisa para lidar que, por vezes, deixa de lado sua própria vida para estar mais próxima dos seus alunos. Casada com Paulo e mãe de três filhos – os gêmeos Flora e Alex, e a pequena Mel –, Gabriela se tornou uma mulher mais pragmática. E sua família se ressente da sua ausência, cobrando a presença dela em casa.

A história tem início em Queimados, quando a adolescente Rita tem sua filha recém-nascida dada em segredo para adoção por seu pai por falta de condições financeiras para criá-la. Sempre acreditando que sua filha esteja morta, após a morte do pai, a jovem descobre que sua filha está viva e foi adotada por um casal do Rio de Janeiro, Lígia e Joaquim, entrando na justiça para conseguir a guarda da criança e criando um embate entre a mãe biológica e a adotiva.