Aya Asagiri não tem nenhum lugar para chamar de sua. Intimidada na escola e abusada pelo irmão em casa, ela passa todos os dias desejando a morte. Um dia, Aya acontece em um site misterioso chamado Magical Girl Site.

Tsuyuno Yatsumura é outra garota mágica que recebeu um pedaço de pau pelo site Magical Girl. O taco de Tsuyuno pode parar o tempo. Ela usou isso para retaliar contra Sarina Shizukume. Tsuyuno avisa Aya. O uso do graveto diminui sua vida útil, e que alguém está matando garotas mágicas por seus gravetos, e que alguém está se aproximando.

A identidade do Caçador Mágico que vem matando garotas mágicas acaba sendo uma garota mágica chamada Rina Shioi. Rina faz isso para sobreviver ao â € œTempestâ € e descobre alguns dos segredos do site, mas fica inconsciente ao usar o bastão muitas vezes. Aya e Tsuyuno procuram um curandeiro para acordar Rina, mas a nova garota mágica que eles conhecem é alguém inesperado.

A nova garota mágica Nijimi Anazawa quer Rina morta, mas Aya e Tsuyuno ainda não têm como acordar Rina de seu coma. Apesar desse revés, a vida de Aya parece estar melhorando depois de conhecer Tsuyuno. Então, um dia, sua turma recebe um novo aluno transferido. Não é outro senão Nijimi! Aya entra em pânico, mas Tsuyuno não está lá para ajudá-la.

Depois de perder sua melhor amiga e se machucar, Sarina Shizukume se torna uma garota mágica e promete se vingar de Aya. Enquanto isso, Aya procura Tsuyuno e descobre que ela está em estado crítico. Assombrada por seu passado, Tsuyuno impede Aya de chamar uma ambulância. Depois que Aya descobre o segredo de Tsuyuno, ela não consegue segurar as lágrimas. Tsuyuno é movido pelas lágrimas e determinação de Aya.

Aya e Tsuyuno são enviados para o hospital inconscientes após sua batalha mortal com Sarina.