A jovem Madoka tem um sonho estranho. No dia seguinte, ela vai à escola e descobre que há uma nova garota em sua turma, justamente a garota do seu sonho.

Madoka e Sayaka se envolvem em uma situação desesperadora e são salvas por Mami Tomoe, uma garota mágica. Depois, Mami convida as duas para ir à sua casa.

Madoka e Sayaka estão se acostumando com a rotina de caça às bruxas de Mami, mas ainda não decidiram quais serão seus desejos. Mami revela seu passado às garotas.

Depois de testemunharem uma violenta batalha, Madoka e Sayaka finamente percebem que o envolvimento com o mundo mágico terá seu preço.

Sayaka fecha um acordo com Kyubey e seu desejo é realizado. Agora, ela está em paz e parece não se arrepender de ter se tornado uma garota mágica.

Acaba que Homura intervém no confronto entre Sayaka e Kyoko. No dia seguinte, as garotas procuram por rastros do familiar que escapou.

Uma desanimada Sayaka encontra-se dividida entre o desejo que foi realizado ao aceitar o destino de lutar e o alto preço que ela precisou pagar por isso.

Graças ao poder mágico de cura, Sayaka consegue lutar sem se ferir, mas parece estar exausta. No caminho para casa, Madoka comenta sobre o estilo de luta de Sayaka.

Uma nova bruxa surge de uma Semente de Rancor. Com a ajuda de Homura, Kyoko consegue escapar do labirinto da bruxa carregando Sayaka.

A menina nova é muito nervosa e retraída. Ela se apresenta timidamente, enquanto sente o olhar de todos os alunos da classe.

Kyubey aparece diante de Madoka, que está devastada pela tristeza. Sem compreender as emoções dela, ele conta a história da raça humana e de sua espécie.

Madoka aparece determinada diante de Homura e diz que já escolheu o seu desejo. Mas o que será que ela decidiu?