O ex-agente do MI6, Russ Taylor, recruta ex-membros da Phoenix para localizarem uma arma biológica que pode ser usada em um ataque devastador.

O general do Departamento de Defesa, John Acosta, recruta MacGyver para roubar um projeto confidencial de um laboratório militar e encontrar possíveis falhas de segurança.

O piloto do avião em que MacGyver e a equipe embarcaram sofre um ataque cardíaco durante o voo. Suspeitas são levantadas sobre a ocorrência dessa emergência médica.

Enquanto MacGyver trabalha para resgatar sobreviventes de um prédio que desmoronou na Alemanha, ele descobre nos escombros vestígios da Segunda Guerra Mundial

Desi se infiltra em um time de futebol e tenta identificar o jogador corrupto que trabalha com uma organização ilegal.

Quando o primeiro amor de Russ, Emilia, é sequestrada por antigos inimigos, ele leva a equipe Phoenix até uma pequena cidade para resgatá-la.

Um encontro se torna caótico quando Mac e Desi testemunham um assassinato nos fundos de um restaurante em que estavam.

Depois que Supervisor é quase morto em um atentado, ele recruta Mac para ajudá-lo a encontrar o responsável.

A equipe entra em ação quando a rede elétrica de Los Angeles sofre um grande ataque, resultando em um apagão em toda a cidade.

Mac é colocado em estado de sonho, sob hipnose, e tenta relembrar as evidências encontradas no laboratório secreto de Nikola Tesla.

Dentro de uma cela de prisão falsa, Mac precisa ganhar a confiança de um dos principais agentes do Codex e obter informações.

A equipe Phoenix passa por mudanças depois que a tia de MacGyver o influencia sobre o Codex. Enquanto isso, Matty e Russ levam algumas preocupações à Casa Branca.

A missão de Mac e Riley é interrompida por Russ, Desi e a equipe Phoenix. Além disso, eles descobrem o verdadeiro motivo de Russ ter comprado a Fundação Phoenix.