Quando um laboratório de ciência que estuda a camada de ozônio explode misteriosamente, MacGyver é chamado para resgatar os cientistas que estão presos no subsolo. É logo descoberto que a explosão estourou um tanque de ácido sulfúrico, agora MacGyver está em uma corrida contra o tempo antes que o Exército use um míssil para selar a base.

Quando MacGyver tenta recuperar uma vasilha cheia de um produto químico mortal na Birmânia, ele se depara com uma área conhecida como o Triângulo Dourado, onde os militares usam fazendeiros como escravos nos campos de ópio. MacGyver é confundido com um agente de narcóticos e é capturado, mas convence os escravos a lutar contra sua opressão. MacGyver ajuda a montar várias armadilhas no campo de escravos, e quando o exército volta para reprimir a agitação, a verdadeira ação começa.

MacGyver viaja para Budapeste para se encontrar com um agente duplo russo que possui um relógio contendo informações sobre outros espiões russos. No entanto, antes que MacGyver possa pegar o relógio, o agente é morto e o relógio é roubado. Agora MacGyver deve trabalhar com os ciganos para recuperá-lo.

MacGyver recupera um mapa ultra-secreto e o usa para escapar de seus perseguidores no deserto. MacGyver escapa do deserto usando um balão de ar quente convenientemente armazenado em um ponto de encontro.

Quando $60 milhões em diamantes roubados, destinados a uma instituição de caridade, acabam nas mãos do proprietário do cassino, Jack Catlin, MacGyver deve ir às Ilhas Virgens para tentar recuperá-los. Com a ajuda de Chris Rhodes, a filha de um senador, MacGyver é o mentor de um plano para invadir o cofre de Catlin e roubá-lo de volta.

MacGyver vem em uma expedição ao Brasil com seu amigo, o entomologista Dr. Alden. Eles se encontram com um proprietário de terras e recluso, Trumbo, que é inicialmente hostil. No entanto, quando eles percebem que uma coluna de formigas do exército está se movendo pela floresta, eles se juntam para montar uma defesa. Alden é morto pelas formigas, que parecem incontroláveis. MacGyver tenta inundar as formigas enchendo os bebedouros ao redor com água, mas quando esse plano falha, ele usa um lança-chamas para queimar as formigas que se aproximam. Sem gasolina e rapidamente sem tempo, MacGyver deve apresentar um plano para se desfazer das formigas, ou Trumbo perderá em uma tarde o que ele passou a vida montando.

Quando MacGyver está a caminho de suas férias, ele toma o caminho errado e acaba em uma pequena pista de pouso onde todo mundo parece estar se comportando de maneira estranha. Muito tarde, ele descobre que a pista de pouso foi tomada como refém, e ele foi pego no meio de uma tentativa de sequestro de avião.

Durante uma viagem para visitar alguns amigos, um acidente inicia um incêndio em um poço de petróleo de propriedade dos amigos de MacGyver. MacGyver e seu amigo então vão buscar dinamite em uma mina abandonada, em grande perigo para si mesmos, depois de decidirem que a dinamite é a única maneira possível de o fogo ser apagado. No entanto, quando o usam, o fogo só se torna mais intenso. Pode MacGyver e seu amigo sobreviver ao calor incrível para apagar o fogo e salvar o óleo enterrado embaixo do poço?

Um homem quer testemunhar contra seu irmão mafioso no Tribunal Federal, e MacGyver tem o trabalho de mantê-lo seguro, mas a mãe do homem está morrendo e ele quer visitá-la.

Depois de explodir uma instalação nuclear sob o controle de um líder mundial agressivo, MacGyver retorna para casa em busca de paz e tranquilidade, somente para encontrar seu chefe enquanto aguarda por ele. Seu chefe aconselha MacGyver que corre certo risco por sua vida e ele precisa sair da cidade por algum tempo.

Quando MacGyver chega em casa com alguns documentos importantes, ele é drogado por agentes inimigos que dizem a ele que irá morrer em seis horas se ele não recuperar os documentos para eles. Mas MacGyver, usando um velho truque de prisioneiro, escapa. Agora o único problema é convencer alguém de que ele não é apenas outro bêbado.

MacGyver está preso em uma mansão com Pete, um especialista em código e um agente do governo que pode ou não estar do seu lado. No entanto, um antigo inimigo tem armadilhas eletrônicas por toda a mansão para garantir que eles não possam ir a lugar nenhum.

Uma antiga namorada de MacGyver entra em contato com ele para pedir ajuda depois que ela descobre evidências de roubos de urânio de uma usina de processamento nuclear onde ela trabalha.

Uma pessoa misteriosa, que se chama "Viking", acaba de bombardear um navio de cruzeiro. Ele exige seis milhões de dólares ou uma outra bomba explodirá em questão de horas. Então MacGyver, com um velho amigo do Vietnã, Charlie Robinson, é enviado para desarmá-lo. Mas quando chegam lá, descobrem que há mais de uma bomba no navio.

Depois de uma ousada fuga da Alemanha Oriental, onde ele é resgatado, e no processo salva um colega com uma rápida correção mecânica, MacGyver acha que ele merece umas férias tranquilas. Mas Pete o convence a cuidar de um desertor russo que pode identificar os agentes da KGB.

MacGyver está saindo da Bulgária com um microfilme secreto, quando conhece Penny Parker, uma bela e falante americana, que está fugindo de seu amante, um homem chamado Stephan Frolov. Ela esconde algumas joias em MacGyver, fazendo dele um suspeito, e agora MacGyver e Penny devem fugir da Bulgária juntos.

No Afeganistão, ferido e caçado pelos soviéticos, MacGyver é refugiado por uma mulher afegã e seu filho. Mas eles mesmos estão à mercê de um bandido afegão, que matará MacGyver se ele o encontrar com essa mulher.

Um gênio de 15 anos acidentalmente invade um sistema defeituoso de orientação de mísseis e atrai a atenção do FBI e de alguns profissionais do mercado negro, que acham que ela pode consertar isso para eles. Cabe a MacGyver salvá-la de ser sequestrada pelos dois lados.

No começo do episódio, MacGyver literalmente tem que pular em um trem em movimento que ele perdeu anteriormente para devolver arquivos e documentos ultra-secretos ao governo dos EUA. Logo depois, uma tribo local para o trem. Eles tomam todos os passageiros como reféns até que os homens responsáveis pela morte do filho do líder tribal sejam encontrados entre os passageiros.

Quando uma mãe superior em uma missão religiosa no norte da África pede a MacGyver para ajudar uma jovem mulher com alguma coisa, ele fica feliz em ajudar. No entanto, quando ele descobre que a jovem quer que ele solte seu irmão da prisão, ele pode ter assumido mais do que esperava.

Pete Thornton investiga a suposta morte de um velho amigo, um proeminente dissidente russo, e descobre que ele deve tirar a filha de seu amigo Maria do país antes que a polícia secreta a prenda por uma suposta conspiração. No entanto, enquanto na Rússia, Pete esbarra em MacGyver, que o seguiu dos Estados Unidos. Após uma perseguição em alta velocidade para escapar da polícia, Pete e MacGyver descobrem por Maria que seu pai não está morto, ele está sendo mantido em uma ala de segurança máxima em uma instituição mental estadual. Para entrar no hospital psiquiátrico, MacGyver faz o papel de um paciente louco e Pete faz o papel de um médico que foi designado para ele. Com a ajuda dos outros pacientes, MacGyver é capaz de escapar para enfermaria, onde o amigo de Pete é mantido. MacGyver solta-o e esconde-o com os outros pacientes.

Posando como um relojoeiro que fabrica temporizadores de bombas, MacGyver consegue pegar um mestre assassino - Piedra - antes de tentar um assassinato em um alvo de alto perfil. No entanto, Piedra está prestes a ser interrompido por muito tempo.