Durante uma visita de Yukina ao Laboratório Kurobe, ocorre um ataque. Ao tentar escapar, Yukina toca um cubo misterioso.

Do cubo emerge Kennosuke Tokisada Ouma. Ele tenta salvar Yukina, mas acaba sendo ferido. Uma nova estrutura gigantesca surge na Baía de Toyama.

Mesmo que Kennosuke e Yukina sejam vitoriosos, seu inimigo reserva muitas surpresas.

Após perceber por quanto tempo ficou desacordado, Kennosuke é convidado a morar com a família de Yukina. O mundo moderno ainda o deixa confuso.

Yukina volta à escola esperando que tudo volte a ser como era, mas fica horrorizada quando vê o aluno que acaba de ser transferido.

Ken e Yukina continuam o confronto. Akagi e Kayahara desafiam as autoridades e se aproximam da zona de batalha.

Depois que o piloto inimigo toma uma atitude inesperada, Yukina perde a vontade de lutar. Na escola, ela ouve que Akagi e Kayahara ainda não apareceram.

As exigências dos invasores causam problemas, e Yukina sai de casa para evitar uma batalha. Kennosuke vai atrás dela, mas percebe que não sabe nada a seu respeito.

Um enorme geoframe inimigo aparece, mas o centro fica sem o poder necessário para combatê-lo sem a presença de Yukina. Ken, Akagi e Kayahara continuam as buscas.

Capturado e levado de volta ao centro de pesquisa, o piloto confessa que encontrou um determinado objeto. Ken aparece para reconhecê-lo.

O piloto inimigo foge inesperadamente e consegue restaurar o geoframe. Yukina é ordenada a se posicionar no Kuromukuro, mas encontra o piloto no caminho.

A chegada das férias de verão intensifica os treinamentos de Ken e Yukina, que está ficando melhor do que esperava. Akagi espera se tornar piloto.　

O Kuromukuro de Ken luta com o GAUS para afastar um geoframe enorme. O plano de Kayahara para a feira de cultura gera empolgação.

Kennosuke foi atropelado por uma mulher com o rosto de sua princesa. Antes que ela acabe com ele, uma figura misteriosa surge para defendê-lo.

A população local começa a evacuar a área, e os alunos da escola são transferidos. Carlos não sabe o que dizer sobre sua situação.

Sophie manda bem pilotando a GAUS e impressiona Ken. Logo, ela descobre que seus pais esperam que ela deixe o Japão.

Graham ordena uma busca para achar os dois pilotos inimigos que sumiram. Enquanto isso, a nave-mãe Efidolg despacha um geoframe adicional.

Yukina e Ken recebem seus salários e decidem ir para as águas termais juntos. Fofocas dos seus planos se espalham por toda a escola.

O Instituto de Pesquisa entra em pânico com o desaparecimento de Yukina. Dr. Hausen descobre algo surpreendente. Enquanto isso, Sophie recebe uma mensagem misteriosa.

Ken está a caminho, mas Yukina já planeja sua fuga. Ela encontra Mirasa, que ataca. Sophie descobre mais informações sobre o inimigo.

Ken e Yukina voltaram sãos e salvos, mas não têm tempo para comemorar pois o Centro de Pesquisa descobre que a nave-mãe inimiga logo pousará na Terra.

O inimigo cerca o centro de pesquisas. Em casa, Yukina e os outros aprendem mais sobre Efy Dolgh e Takehito, o pai desaparecido de Yukina.

Ken e Yukina levam Muetta à escola, causando rebuliço entre os poucos alunos que restam. Carlos anuncia que terminou o roteiro de seu filme.

Em busca da verdade, Muetta se volta contra seus antigos companheiros. Percebendo que a batalha decisiva se aproxima, todos começam a se preparar.

Ken e Zeru ficam chocados ao saberem de um poder que resiste ao inimigo. Todos na escola se cansam de esperar pela volta de Yukina e dos outros.

A batalha com Efy Dolgh faz com que todos se aproximem mais de seus objetivos. Kennosuke descobre seu caminho.