Parecia ser mais um dia qualquer na vida de estudantes do colegial. Contudo, repentinamente uma delas se vê num lugar escuro e diferente, até que consegue se libertar e descobre que acabou... reencarnando como uma aranha em um mundo alternativo!

Enquanto os outros alunos reencarnados discutem sobre trono, herói e outras coisas de humanos, a pequena aranha continua sua vida na caverna, buscando entender melhor sobre si e suas habilidades disponíveis.

Kumoko, nossa querida aranha bem-humorada, depois de muito esforço e batalhas, consegue nível suficiente para evoluir. Depois de tomar uma decisão difícil, desmaia e acorda sendo uma nova espécie. Com isso, sua aventura pela sobrevivência recomeça.

Kumoko escapa por pouco de um dragão terrestre e, com muito medo e frustração, ela foge e faz o seu melhor para sobreviver nesta parte hostil da caverna ainda desconhecida.

Kumoko estava super empolgada porque parecia estar um passo mais próxima de sair daquele nível do labirinto, cheio de monstros poderosos, mas... O Nível Intermediário é escaldante e cheio de magma! Como ela sobreviverá, se suas teias queimam instantaneamente?

Depois de superar um combate difícil e saborear um peixe Siluro delicioso, Kumoko segue explorando o Nível Intermediário e aprimorando suas habilidades, até que encontra um obstáculo ainda maior do que o grande peixe saboroso.

Com o constante aumento de nível, Kumoko vai adquirindo cada vez mais habilidades poderosas e intrigantes, fazendo com que possa seguir adiante no labirinto, enfrentando seres mais fortes a cada dia.

Depois de sofrer uma tentativa de assassinato de Natsume, Shun fica pensativo sobre sua atual situação e relembra de seus colegas da escola. Com preocupação e indignação, resolve pressionar a professora a contar o que sabe sobre os alunos reencarnados.

Depois de uma cansativa missão dentro do Grande Labirinto de Elroe, Julius volta para a cidade e encontra seu irmão. Apesar do cansaço, ele e seu escudeiro Hyrince precisam ir para o Império resolver um outro grande problema que ameaça a paz.

Apesar de conseguir alguns poucos esclarecimentos, Kumoko fica muito pensativa sobre a existência dessa tal D e acaba concluindo que ela é uma administradora. Mas o que isso significa? Sendo impossível saber isso no momento, ela resolve continuar fazendo o que pode e agindo como quer.

Kumoko evolui mais uma vez e, graças à maximização da habilidade Tabu, ela acaba recebendo uma grande quantidade de informações de uma só vez. Enquanto tenta organizar seus pensamentos, ela toma uma decisão muito importante do que fará a partir de agora.

A luta intensa contra o Araba perdura por muito tempo. Kumoko está dando o seu máximo com as habilidades que possui, até que ela nota que seu arqui-inimigo está fazendo o mesmo, de uma forma pior do que ela esperava.

Depois de passar muitos apuros e conseguir o grande feito de matar um dragão, Kumoko finalmente consegue sair. O mundo lá fora deve ser muito bonito, ensolarado e... Ela encontra novas paredes para se livrar.

Kumoko continua com suas aventuras no mundo externo. Apesar das reclamações constantes de sua mãe, ela resolve ignorá-la e deixar para que suas outras mentes resolvam o problema. Enquanto segue em sua jornada solitária, ela acaba encontrando humanos e fazendo algo que não esperava.

As Mentalidades Paralelas de Kumoko seguem consumindo a mente da Mãe, conforme planejado. Contudo, a Responsável de Magia 1 começa a suspeitar que tem algo muito esquisito no comportamento dela. Enquanto isso, o corpo principal de Kumoko está curtindo o ar livre, sol, frutas e tudo o que o mundo exterior tem de bom, até que ela recebe uma visita surpresa.

Kumoko evolui mais uma vez e está mais forte do que nunca, com algumas habilidades bem específicas de sua nova raça. Em comemoração a isso, a administradora D entra em contato novamente dando mais algumas informações sobre a reencarnação.

Shun e seus companheiros seguem pelo Grande Labirinto de Elroe para tentarem impedir Hugo e seu irmão de causarem mais problemas para o reino. Lá, eles descobrem sobre um monstro lendário extremamente perigoso que ninguém mais vê há anos.

Depois de ficar muito tempo em repouso, Kumoko finalmente consegue recuperar todo o seu corpo! Agora ela está vendo o que pode fazer nesse novo local para onde foi levada pelas ondas.

Kumoko, em um momento de piedade, resolve ajudar um garotinho com câncer. Contudo, mal sabia ela o que isso poderia causar posteriormente.

O povo local parece muito feliz com a aparição da "Besta Divina", mas há aqueles que não estão satisfeitos com isso.

O exército do império está cada vez mais próximo e Shun e seus companheiros estão se preparando para esta grande batalha.

A guerra entre Ohts e Sariella começa intensa e Kumoko resolve aproveitar a situação para ganhar mais experiência.

Shun e Hugo começam uma intensa luta para acertar as contas. Enquanto isso, os elfos identificam um outro exército, além do imperial, atacando.

A luta entre elfos e os demônios segue intensa, mesmo depois de surgirem máquinas misteriosas no campo de batalha. Enquanto isso, Kumoko está em apuros, prestes a receber a Magia do Abismo lançada por Ariel.