Ray e seus amigos começam no mundo de Kaijudo os Mestres do Duelo, uma ordem secreta de heróis que juraram proteger a raça humana de criaturas fantásticas e das forças malignas de Choten, que quer conquistar o mundo.

Ray, Allie e Gabe exploram as maravilhas do Templo Kaijudo e aprendem as noções básicas dos duelos com criaturas. Os Mestres Kaijudo estão impressionados com as habilidades de Ray, mas se mostram um pouco céticos com sua técnica nada convencional.

Ray, Allie e Gabe visitam o Templo e ficam amigos de novas criaturas. Enquanto isso, um dos seguidores de Choten apresenta uma ameaça mortal para o Templo: os meninos devem se unir aos Mestres do Duelo em uma batalha para salvar o mundo.

Os meninos devem localizar e enviar uma pequena criatura de volta ao seu reino. Mas quando Choten muta, a criatura começa a se duplicar e as coisas ficam complicadas. Enquanto isso, Gabe tem problemas para controlar a sua nova criatura: Gargle.

Após ter resgatado uma criatura bebê do fogo de Alakshmi, Ray e seus amigos se infiltram na escola e se envolvem num perigoso jogo de esconde-esconde com um dos seguidores de Choten e seu boneco sanguinário, Razorkinder.

Quando Allie termina na Civilização do Fogo, Ray, Bob e Gabe vão a seu resgate. Ao longo do caminho, um estranho os ajuda a chegar à Cidade Blastforge, onde Allie e Squeaky, uma criatura das trevas, possivelmente serão a comida de Lorde Skycrusher.

Ao tentar resgatar Allie de Lorde Skycrusher, Ray e Bob são capturados e devem lutar por suas vidas. Enquanto isso, Gabe e Gargle lutam para salvar Allie e seu novo amigo Squeaky do chefe do castelo.

Uma série de roubos misteriosos é obra de uma poderosa criatura de luz guiada por Heller, um cara mau humorado. As tentativas dos meninos para impedir os crimes fazem com que Ray perca a visão temporariamente antes de descobrir como resolver.

Quando o poderoso Shouter não responder aos chamados do Mestre Kimora, Ray e seus amigos viajam para a Civilização da Natureza para investigar o estranho rapto da tribo de Shouter por uma força misteriosa.

O Mestre Chavez deve substituir o Véu, e para isso deve extrair maná de um dos Reis das Civilizações de Criaturas, mas Choten planeja se apoderar da maná depois de Chavez tê-lo extraído. É dever dos meninos detê-lo.

Quando as memórias de Ray são roubadas por Choten, os meninos viajam ao passado do Reino de Água para recuperá-las. Com o Príncipe do Recife como seu guia, tudo vai de acordo com o plano, até serem acusados de roubar um artefato de valor inestimável.

Ao escapar da Civilização da Água, depois de serem acusados de roubar um de seus artefatos mais poderosos, os meninos se juntam com Gargle para mostrar que Choten é o culpado e para impedir que fuja.

Na missão de caçar uma criatura primitiva semelhante ao Pé Grande, conhecida como Bloodmane Errante, Ray e o Mestre dos Duelos descobrem rapidamente que há muito mais por trás dessa criatura, muito mais do que a besta revela.

Em uma tentativa de aliviar a tensão que há pelo dinheiro e os amigos, Allie organiza uma festa do pijama em sua casa. Mas logo se torna um campo de batalha de criaturas quando Alakshmi chega na festa com Gorgeon, Sombra de Gula.

Para proteger a família de Bob Quillspike dos ataques de uma criatura, os meninos vão para o Reino da Natureza e lutam para vencer o Escudo da Unidade, um artefato que obriga que todas as tribos ajudem a tribo que o possui.

A competição foi interrompida, arriscando a chance de Boy e Ray de conseguir o Escudo; o tempo está se esgotando para a família de Bob Quillspike, já que a criatura que faz os ataques está de volta.

Os irmãos gêmeos de Gabe o levam para explorar um parque de diversões abandonado, mas eles são atacados.

O que começa como uma ida ao cinema para Ray e Allie, termina em uma batalha perigosa de inteligência. Enquanto isso, Choten e seus capangas estão buscando o Caso de Alta Tecnologia, secretamente guardado no banco onde o pai de Allie trabalha.

Allie lidera uma expedição para a Civilização da Escuridão. O grupo supera uma série de ataques e paga um preço alto para chegar à fortaleza de Lorde Darkness, conhecido por ter grande influência.

A Imperatriz Megaria tenta manter Allie no reino da Escuridão como sua nova protegida, mas encontra em Alakshmi uma rival; a equipe de resgate elabora um plano para entrar no castelo e voltar para casa com Allie.

Sob ataque na Civilização do Fogo, Ray e Carny pedem uma trégua, mas Ray logo descobre um terrível segredo sobre o pai de Carny.

A canalizadora da luz Sasha conhece o lado negro e doloroso da natureza humana quando decide se disfarçar e frequentar a escola de Ray.

Alakshmi, Fingers e Heller atacam a Civilização da Luz. Nossos heróis tentam evitar que eles coloquem as mãos no poderoso artefato Coração de Luz.

Os agentes de Choten atacam o apartamento de Ray, que descobre um fato perturbador sobre os pais dele.

Consciente de que Choten está com os cinco artefatos poderosos, os Mestres do Duelo lançam um ataque direto e desesperado contra o covil do vilão.

Com o plano maquiavélico de Choten em andamento, Ray e os Mestres do Duelo fazem uma última tentativa para evitar a destruição da Terra.