Na manhã do funeral de Prue, Piper tenta usar o Livro da Sombras para trazer a irmã de volta à vida. Sem saber, o último feitiço realizado acaba fazendo que uma mulher chamada Paige, devido a uma série de eventos, vá até o funeral. Lá, Paige assiste toda cerimônia e quando Phoebe a toca, tem uma premonição que mostra ela sendo atacada pelo demônio que matou Prue, Shax. Como Phoebe e Piper tentam salvar Paige de Shax, descobrem que ela tem o poder de orbitar, então Leo e Cole são enviados para descobrir se é uma white lighter. Enquanto Leo retorna sem informação nenhuma, Cole fica sabendo que a Fonte acredita que Paige pode reconstituir o "Poder das Três". Assim, Piper e Phoebe descobrem através de sua mãe e avó que Patty teve uma quarta filha com seu white lighter Sam, e que deram-na para adoção logo que nasceu.

Com o Poder das Três quase sendo restabelecido, a Fonte usa um antigo acordo que fará a nova bruxa decidir, em 48hs, por vontade própria, se irá querer usar seus poderes para o bem ou o mal. A Fonte possui o namorado de Paige, Shane, para tentar enganá-la e fazê-la usar seu poder pelo mal, pois assim não só impediria ela de se tornar uma Encantada, mas como a deixaria no ladro negro para sempre. Piper e Phoebe estão apressadas para impedir que a Fonte consiga terminar seu plano, mas tem que enfrentar o Inspetor Cortez que acredita que elas são as responsáveis pela morte de Prue e poderá expor o segredo familiar delas para todo o mundo.

Piper decide levar a sério contra o mal e os demônios, e em vez de esperar eles atacarem, usa magia para os achar e destruir. Cole e Phoebe contestam a perseguição despreocupada de Piper contra o mal quando põe tudo em risco, depois que encontra as três Fúrias. Phoebe descobre que ela foi infectada pela fumaça das Fúrias, que dominará toda a humanidade dela e a tornará uma Fúria também. Enquanto isso, Paige rouba o Livro das Sombras da casa das irmãs para realizar feitiços com ganho pessoal, e Phoebe tem ajudá-la a corrigí-los.

Cole descobre que a Fonte tentará destruir as irmãs em seguida, antes que outros pensem que ele seja fraco e comecem a querer a desafiá-lo como o líder do mal de todas coisas. Como resultado, Cole insiste que Phoebe deve continuar levando seus estudos de artes marciais seriamente, enquanto Piper ensina à Paige os fundamentos da feitiçaria. Porém, Paige não se dedica completamente aos estudos, e quando mistura uma poção acaba trocando de corpo com Phoebe. Enquanto isso, Yenlo, uma estudante do Mestre Zen, tenta se vingar do professor e da filha do mestre dele, Aling, depois que ele foi para o lugar onde os mestres ficam. Quando fica muito ferida, Yenlo se esconde entre mundos, para conseguir eventualmente capturar o mestre anterior dela. Anling, sem querer, acha as Encantadas e pede ajuda para salvar o pai dela.

Enquanto Piper contrata um gerente para redesenhar o P3, Paige acredita que sente algo errado com uma casa na qual ela passa na frente, e pede para suas irmãs investigarem. Depois de ser ignorada, Paige pede para Leo fazer que Piper e Phoebe visitem a casa. Não acreditando muito no medo da irmã, Phoebe vai sozinha até a casa e é atacada pelo demônio Gammill, O Colecionador, que a encolhe aproximadamente em cinco polegadas. Como Phoebe tenta fugir, Gammill descobre que ela é uma das Encantadas e planeja não só encolher suas irmãs, mas como transformá-las em estatuetas para acrescentar em sua estranha coleção.  Participação musical de David Navarro.

Paige procura no Livro das Sombras um feitiço que ache um pedaço perdido de um conto de fadas que não consegue se lembrar desde que era jovem. Quando ela acha o feitiço para relembrar o esquecido, recita inadvertidamente ele, e acaba chamando um príncipe medieval do passado que acredita que Paige é o grande amor de sua vida. As irmãs rapidamente descobrem que no conto de fadas estava a vida passada de Paige, uma feiticeira do mal, que queria usar sua magia para enganar o princípe e conseguir seu reino. Enquanto isso, Phoebe e Piper não conseguem destruir o Demônio da Eletricidade sem o Poder das Três e acreditam que se Paige mudar para a mansão, ficará muito mais fácil de conseguirem destruir as forças do mal.

Cole traz notícias de que a Fonte enviou um demônio Camaleão à casa das Halliwell para espioná-las. Quando o plano utilizando o Camaleão não funciona, a Fonte o destrói e entra em seu lugar para usar o fato das irmãs tentarem caçá-lo, contra elas. A Fonte consegue sequestrar Piper e com magia negra projeta em sua mente e tenta convencê-la de que não é mais uma bruxa, mas sim uma paciente de um sanatório onde todo mundo que participa de sua vida tem um papel diferente. Assim, manipula Piper e a faz querer renunciar seus poderes, para poder destruí-la junto com suas irmãs.

Enquanto estão caçando um demônio que parece ser o responsável pela morte de algumas bruxas, Cole pede Phoebe em casamento. As irmãs descobrem em seguida que não estavam atrás do inimigo certo depois que mais uma bruxa é morta, e ajudam Emma, uma mulher que quer se vingar do demônio que matou seu noivo. Emma revela que Belthazor foi o responsavél pela morte do seu grande amor e as Halliwell descobrem que o novo assistente do DA é o verdadeiro assassino que elas tanto procuram. Além disso, Paige traz para casa um bebê mecânico para Piper e Leo testarem sua prontidão, já que serão pais no futuro.

Agora que a Fonte está ferida, Cole se preocupa com as várias forças do mal que irão vir contra as Encantadas para provar ser o merecedor do lugar da Fonte. As irmãs descobrem em seguida que o medo de Cole tem uma justificativa quando Devlin, um feiticeiro, pega o Anel da Inspiração para capturar musas e usar os poderes delas para inspirar uma facção de feiticeiros que o ajudará a destruir Piper, Phoebe e Paige. Enquanto isso, ainda tentando se ajustar à perda de seus poderes, Cole compra uma arma para poder proteger Phoebe.

Com Leo como seu guia, Paige volta ao passado quando ela tinha 10 anos em uma tentativa de resolver seus sentimentos sobre o acidente que matou seus pais. Paige usa, então, a oportunidade para tentar mudar o passado e impedir que a tragédia aconteça, salvando seus pais do acidente de carro que os matou. Enquanto isso, dois fanstamas possuem Phoebe e Cole para completarem um acordo que tinham feito no passado, que era o casamento entre eles, fazendo Piper e Darryl se unirem para impedir que a união aconteça.

Enquanto está como júri de um caso onde acusam um homem que possui poderes de ter matado sua esposa, Phoebe tem uma premonição que revela que o acusado não é o verdadeiro assassino. Ela percebe que a premonição que o homem teve conduziu ao corpo de sua esposa, e não foi uma estratégia para escapar da polícia. Não conseguindo convencer os jurados da mesma categoria em que estava, Phoebe tem que provar com magia o que realmente aconteceu. Já Piper fica irritada com Paige quando a caçula convida seu amigo Glen para ficar na mansão enquanto está na cidade.

Paige leva para a mansão um garoto chamado Tyler, que com o poder da mente pode fazer fogo surgir em qualquer coisa. Depois que Piper ganha a confiança do menino, ela descobre que os pais adotivos dele iam enviá-lo para academia do mal, que treinaria esse dom com ele para ser o guardião da Fonte. Em outro lugar, enquanto Cole tenta ser mais humano e consegue arrumar um trabalho no serviço de Paige, Phoebe começa a se transformar em uma dona-de-casa dos anos 50 após colocar em seu dedo a aliança de casamento usada por sua avó.

A Fonte descobre pela Vidente que seus planos futuros para matar as Encantadas o conduzirão à morte. Então, resolve quebrar um antigo acordo entre o bem e o mal e rouba o Buraco, que pode absorver a magia de todos os seres. Com o buraco sob seu controle, a Fonte começa a roubar os poderes das irmãs para deixá-las indefesas e incapazes de resistir a uma batalha cara-a-cara com ele. Quando a Vidente vê que o plano de seu mestre conduzirá na destruição total de toda vida, chama Cole ao submundo para ajudá-la com um plano que irá destruir a Fonte.

Quando Phoebe fica com dúvida se deve ou não casar com Cole, ela pede ajuda à magia para decidir. O feitiço que ela faz chama uma jovem e inocente Phoebe, do passado, e uma velha e cínica Phoebe, do futuro, que não pretende ajudá-la na sua decisão. Enquanto isso, Cole começa a ser possuído lentamente pela Fonte e Paige descobre que um feitiço feito por ela recentemente acabou lhe dando uma promoção em seu trabalho.

A Vidente informa à Cole que o filho dele com Phoebe se tornará a força mais poderosa que o mundo mágico já viu, mas estará do lado do bem a menos que eles casem pelo ritual do mal em vez do ritual tradicional, como Phoebe planeja. Então Cole tenta sabotar seu próprio casamento para conseguir realizar o casamento que ele planeja.

Paige se sente excluída na celebração do primeiro aniversário de casamento de Piper e Leo. Cole, porém, tem um novo objetivo quando descobre que precisa engravidar sua esposa nas próximas vinte e quatro horas pra ela se tornar má. Enquanto isso, as irmãs encontram uma inocente que foi afetada pelo poder de um demônio e pode matá-las se não conseguirem preparar a poção que irá curá-la à tempo.

As irmãs encontram dois fantasmas do passado que vieram se vingar de Leo por ele os ter deixado morrer durante uma guerra. Então mais tarde, quando tem que salvar uma protegida, Leo é impedido pelos fantasmas de fazer seu trabalho, e por isso acaba perdendo seus poderes. Já Cole contrata uma sensual secretária-demônio, que tenta convencer Phoebe que a mansão das suas irmãs não a faz feliz e pode ir com seu marido para um lugar muito melhor.

Cole conspira para reunir várias facções más numa aliança que deverá controlar todo mal. Mas uma antiga inimiga da Fonte, conhecida como Rainha dos Vampiros, pretende transformar Paige em uma vampira e usar seu poder de Encantada para destruir Cole. Uma vez mordida, Paige se apressa para morder uma de suas irmãs, pois apenas dessa maneira poderá completar a transformação que a tornará uma vampira para sempre. Enquanto isso, Piper começa a escutar as suspeitas de Paige em relação à Cole e Phoebe faz um teste sanguíneo para descobrir se está grávida.

Os planos de Cole para se tornar definitivamente a nova Fonte não dão muito certo quando o último Feiticeiro conhecido rouba o Grimoire (o Livro das Sombras do mal), impedindo que a cerimônia continue. Quando o mago falha, vai até as Encantadas para pedir ajudar e revela que pretende se vingar da Fonte porque ela matou todos os feiticeiros no passado. Assim, enquanto Piper trabalha num plano para roubar o Grimoire, Paige vai até o apartamento de Phoebe para contar os detalhes da situação, mas acaba revelando que ela e sua irmã acreditam que Cole é um demônio. No princípio, a recém-casada não consegue aceitar, mas descobre a verdade quando tem uma premonição que mostra seu marido usando seus poderes. Porém, a gravidez de Phoebe começa a criar um conflito entre o bem e o mal em Cole.

Depois de ficar ao lado de Cole, Phoebe é considerada a Rainha do Mal do submundo e começa a tomar um tônico fornecido pela Vidente contendo mal, que não alimentará apenas o bebê, mas como também começará a deixá-la cada vez mais maldosa. Porém, depois de ter uma premonição onde Cole aparece matando um inocente, a Halliwell surpreende suas irmãs pedindo ajuda para salvá-la de seu marido. Phoebe entra em conflito com seu lado do bem e mal, mas Paige acredita que a irmã voltará ao lado das Encantadas e pede para Piper chamar Cole para elas poderem destruí-lo.

Como Phoebe tem pesadelos que mostram a Vidente roubando seu bebê, o próprio começa a usar magia, mesmo estando dentro da barriga da Halliwell, principalmente para atacar Paige. Vendo que não vai conseguir roubar a criança de Phoebe sozinha, a Vidente pede ajuda para um demônio que a Fonte tinha prendindo num calabouço, e em troca lhe dá a liberdade que aguarda há tanto tempo. Enquanto isso, Piper é informada por seu médico que terá problemas para fazer uma gravidez e Darryl reaparece para impedir que a polícia comece a investigar as irmãs novamente.

As Encantadas recebem a visita do Anjo do Destino, que lhes oferece uma vida normal, sem bruxas, demônios e magia, como recompensa por elas terem cumprido seu destino, que era destruir a Fonte. Paige deseja continuar com seu dom, mas Piper e Phoebe decidem pensar sobre a oferta. Enquanto, Phoebe descobre que Cole está vivo num outro plano astral e um agente do FBI chantagea as Halliwell para conseguir caçar uma suposta caçadora de bruxas. A temporada termina com a revelação do Anjo do Destino de que Piper está grávida.