Meses depois do início da guerra contra a aliança Dominion-cardassiana, Sisko e a tripulação estão abatidos quando frotas de reforços prometidos são demolidas.

Viajando numa nave jem'hadar em más condições, Sisko e a tripulação entram numa nebulosa inexplorada e caem num planeta desolado, onde Dax é gravemente ferida.

Worf fica chocado ao ver seu filho Alexander dentre os novos recrutas quando o General Martok, um klingon, atraca sua nave em busca de reforços.

Sisko bola um plano arriscado para desativar um conjunto de sensores vital que monitora toda a atividade nos cinco setores.

Com o moral da tripulação afundando, já que a Federação continua perdendo para a aliança Dominion-cardassiana, Sisko lança um plano para retomar a Deep Space Nine.

Com o campo minado que protege a Federação prestes a ser demolido, Sisko lidera o que parece ser uma missão suicida para retomar a Deep Space Nine.

Worf e Dax voltam a planejar seu esperado casamento -- que depende de a mulher de Martok, Sirella, aceitar Dax na Casa de Martok.

Vinda do universo alternativo, uma versão do amor morto de Kira se teletransporta e faz dela refém, depois conta que ele está fugindo da Aliança do mal do seu mundo.

Revelado o segredo do seu passado de geneticamente modificado, Bashir trabalha com outros como ele, ajudando-os a se adaptarem à sociedade.

A mãe de Quark foi capturada pelo Dominion, e o Grande Nagus Zek alista Quark para salvá-la, oferecendo uma recompensa gorda se ele conseguir.

Quando Sisko se encontra com o antigo líder cardassiano, Gul Dukat, que está a caminho de uma audiência sobre os crimes de guerra, a nave deles é destruída por tropas cardassianas.

A tripulação fica chocada quando sabe que Morn foi morto numa tempestade iônica. Vendo a chance de lucrar, Quark dá uma festa em homenagem à memória dele no seu bar.

Depois que a nave de um amigo é destruída, Sisko pensa em deixar a Frota Estelar, enquanto tem visões dele e sua tripulação como escritores de ficção-científica nos anos de 1950.

Dax, O'Brien e Bashir embarcam num Explorador que encolhe para 10 cm de comprimento quando eles investigam um fenômeno sub-espacial.

O Serviço Secreto da Frota Estelar recruta o Chefe O'Brien para se infiltrar no Sindicato Orion, o grupo principal do crime organizado do Quadrante Alfa.

Quando Dax e Worf são enviados para conhecer um agente duplo cardassiano, recebem uma transmissão sub-espacial codificada dele, que quer desertar.

Para saber a verdade depois de uma revelação chocante sobre sua mãe, Kira pede permissão a Sisko para consultar a Orbe do Tempo bajoriana.

O Oficial Sloan, da Corregedoria, chega à estação procurando uma possível falha na segurança -- e confina a equipe sênior aos alojamentos.

Enquanto revisa listas de baixas, Sisko percebe que a única esperança de vencer a guerra é persuadir os romulanos a entrarem para a aliança Federação-klingon.

Bashir mostra seu novo personagem na holosuíte, um cantor de Las Vegas dos anos de 1960, que se apresenta num salão cheio de fregueses que bebem um martíni atrás do outro.

Depois de ser chamado a Bajor quando uma antiga placa para o Emissário é desberta, Sisko a leva de volta à Deep Space Nine para traduzi-la.

A caminho de Ferenginar, Jake e Nog são atacados por uma nave jem'hadar e salvos por uma nave de guerra classe Defiant, comandada por cadetes de elite da Frota Estelar.

Grande Nagus Zek chega à estação para anunciar que acrescentou uma emenda à Declaração das Oportunidades Ferengi, dando direitos iguais às mulheres.

O'Brien reencontra a mulher e seus dois filhos. Mas durante um piquenique para comemorar, num planeta próximo, Molly, de 8 anos, cai num vórtice.

A bordo da Defiant, Sisko e a tripulação captam um pedido de socorro da Capitã Lisa Cusak, cujo módulo de fuga tinha caído num planeta longínquo.

Quando o Comando da Frota Estelar inicia uma ofensiva na guerra contra os Dominion, Sisko é escolhido para liderar a invasão de Cardássia.