O primeiro capítulo do "Volume 3: Vilões" começa logo após tiros serem disparados, com a revelação chocante do assassino de Nathan e o porquê da entrevista coletiva no Texas ter sido interrompida, jogando imediatamente Peter e Matt num território desconhecido e inesperado. Com seu poder parcialmente restaurado, Sylar decide que uma visita a Claire poderia lhe trazer mais vigor. Enquanto isso em Tóquio, Hiro e Ando são encarregados de proteger um segredo de família que pode dividir o planeta em dois, descobrem que o caminho para um futuro horrível começa com a veloz suspeita Daphne. Curiosidades: Em inglês "Second Coming" é o dia do julgamento final, quando Jesus irá retornar a Terra para julgar os Homens. Por isso chamada a "segunda vinda", ou seja, a segunda vez que Jesus Cristo Retornará à Terra. "The Second Coming" é o nome de um poema do escritor irlândes William Butler Yeats, publicado em 1920, que é citado por Mohinder ao final do episódio.

No segundo episódio chocante de "Volume3: Vilões", Ângela entra em conflito com seu muito mudado filho Peter, sobre qual a melhor maneira de reverter o que parece ser uma catástrofe mundial inevitável. Antes, Sylar declara guerra à Companhia, atacando sua área principal, e encontra muito mais do que ele esperava no Nível 5. Durante uma batalha devastadora com Elle, doze criminosos selvagens, todos com habilidades terríveis, escapam. Enquanto isso, Claire descobre algo novo e inesperado sobre suas habilidades. Determinado a recuperar o terrível segredo de sua família, Hiro e Ando seguem Daphne até Paris. Depois de uma fatídica noite, Suresh fica surpreendido ao descobrir que sua pesquisa, sua vida e sua relação com Maya se desenvolve de maneira irregular. Preso num lugar nada familiar, Matt encontra um guia para ajuda-lo.

Quando quatro rudes e poderosos vilões - “Knox”, Flint, The German e Jesse, invadem um banco e fazem reféns, Ângela envia HRG e seu chocante, novo parceiro poderoso, atrás deles. Determinado a descarrilhar um cataclismo futuro, Peter deve primeiro encontrar o que ele perdeu ao longo do caminho. Enquanto isso Hiro e Ando seguem Daphne e parte da "fórmula" até a Alemanha, mas acabam se atrapalhando com O Haitiano. Assustada por sua habilidade Tracy Strauss deixa Washington, D.C. para procurar respostas sobre Niki. Uma desesperada Claire pede à Meredith para ensina-la a lutar. Enquanto seu romance com Maya se intensifica Suresh se encontra despreparado quando seu experimento resulta em algo inesperado.

Vendo um futuro onde quase todas as pessoas tem poderes, num mundo destinado à destruição, Peter resolve prevenir o fim da terra sendo partida ao meio, seja qual for o custo, o que o leva a um poder obscuro e de difícil controle para salvar o mundo, apostando (erradamente) que isso não irá destruí-lo e tudo o que ele ama antes. Depois de permitir que Ângela roube metade da fórmula, Hiro e Ando tentam descobrir a identidade do vilão que contratou Daphne, e deve consultar a pessoa que conhece esse malandro melhor, Adam Monroe. Depois do banho de sangue no banco, HRG resolve se livrar de seu novo parceiro. Enquanto isso, determinada a ser uma heroína, Claire cai na estrada com os arquivos antigos de vilões de HRG. Suresh dá um impulso. Linderman e Molly retornam de forma inesperadas. Um novo romance envolve 2 heróis.

Armada com os arquivos de HRG e uma arma de choque, Claire tenta derrubar seu primeiro alvo, Stephen Canfield, um fugitivo do Nível 5 com a habilidade de criar buracos negros, sem saber que há outras pessoas por perto. Enquanto isso, horrorizado, Peter foge de toda a morte e destruição no futuro, apenas para descobrir como a experiência o mudou profundamente. Frustado por Adam Monroe não aproxima-los "da fórmula", Hiro dá uma apunhalada para se tornar amigo de Daphne e seu novo parceiro Knox , para desânimo de Ando. A necessidade de Suresh em corrigir erros em sua pesquisa, coloca Maya, entre outros, numa situação pegajosa. Linderman aconselha Nathan a ficar próximo de Tracy, prevendo que eles juntos poderão alcançar grandes feitos. Na África, Matt vê sua visão de "felizes para sempre" destruída.

Impressionados por sua rudez repentina, os vilões Knox e Daphne, trazem Hiro, entre outros, para a Pinehearst e dá a ele uma missão. Com Ângela e a Compania paralisadas por eventos recentes, Peter vai diretamente a Pinehearst em busca de uma resposta, e é mudado permanentemente por um chocante encontro. Enquanto isso, Claire e sua mãe Sandra, tentam libertar Meredith da servidão ao vilão foragido Doyle, que tem a habilidade de tomar o controle mental e físico de outras pessoas. Nathan leva Tracy até Suresh, esperando que ele possa trazer alguma luz sobre a origem de seus poderes.

Presos e assustados, Nathan e Tracy lutam por suas vidas contra um alterado e monstruoso Suresh, para libertarem a si, Maya e outras cobaias do doutor. Elle retorna com algo chocante para Claire e sua família. Ciente do estado crítico de Peter em resultado de um confronto com rivais da Pinehearst, Ângela tenta convencer Sylar a salvar seu irmão. Já que ela não irá ficar do lado dos vilões, Daphne receber ordens de seu chefe para matar Matt, ou ela será morta. Ainda sob o poder do precog africano, Hiro continua a questionar os conselhos de Usutu sobre a melhor forma de combater seus oponentes.

Para se preparar para o confronto que terá adiante, Hiro segue o respeitável empresário, marido e pai Arthur Petrelli, antes dele "morrer", para descobrir o que o levou a criar a Companhia rival Pinehearst e a atacar Ângela. Uma revelação acontece quando Sylar, assustado e arrependido, talvez tenha parado seu impulso mortal por possuir habilidades, isso se, HRG e Elle tivessem influenciado sua monstruosa tarefa. Sob os cuidados do agente da Companhia Thompson, a agente em treinamento Meredith vê sua vida mudar, seguida da chegada de seu irmão "cabeça-quente".

Depois de atacar Hiro e Ando na Africa, Arthur Petrelli ordena que Knox e Flint cacem seu filho Peter e sua neta Claire. Nathan fica surpreso ao saber que seu pai está vivo, e lidera uma carga vilanesca para a destruição do mundo. De volta a Pinehearst, Sylar tem um confronto eletrizante com Elle. Suresh começa a testar sua nova super-fórmula combinada. Com os outros mortos, feridos ou fugindo, Matt tenta acordar Angela.

Depois de reunir Sylar e Elle, Arthur ordena-os a buscar Claire e traze-la a ele. Matt, Hiro e Ando se unem para seguir Daphne até sua cidade natal de Athens, Georgia, para descobrir o que ela vem escondendo. Nathan e Peter Petrelli viajam juntos ao Haiti para procurar pelo único homem que pode impedir seu pai de destruir o mundo, o Haitiano.

O eclipse continua a influenciar os poderes dos heróis, quando Elle e Sylar encaram um vingativo HRG, enquanto Claire luta para sobreviver. No Haiti, Peter e Nathan unem forças com o Haitiano para combater seu irmão, Baron Semedi, e Nathan toma uma decisão chocante. Ando, Sam e Frack trabalham duro para fazer Hiro recuperar sua memória com a ajuda da revista “9th Wonders”, numa loja local de histórias em quadrinhos.

Na esperança de encontrar uma forma de deter Arthur, Hiro e Claire viajam 16 anos ao passado quando Kaito entregou a bêbe Claire para HRG. Peter e o Haitiano se unem para acabar de vez com Arthur Petrelli, mas são interrompidos por Sylar. No laboratório, Suresh faz uma grande descoberta com a formula, que poderá mudar tudo.

No confronto contra Arthur, os irmãos Petrelli acabam brigando entre si, levando Nathan a tomar uma decisão que terá repercussões globais. Sylar mantém reféns Claire, HRG, Meredith e Ângela na Primatech. Ando, Matt e Daphne continuam a tentar resgatar Hiro, e o Dr. Suresh pode ser a única esperança.

Meses após a explosão que derrubou a Pinehearst e a Primatech, nossos heróis tentam deixar o passado para trás e começar uma nova vida. Agora sem poderes, Hiro tenta treinar Ando para se tornar um verdadeiro super-herói. Suresh volta a trabalhar como taxista, Peter volta a salvar vidas como paramédico, Daphne e Matt tentam viver como um casal normal. Claire, tentando viver uma vida comum, acaba descobrindo um plano faltal comandado por Nathan para perseguir e capturar pessoas com poderes. Enquanto isso Sylar procura por seus verdadeiros pais.

Depois de uma série de eventos inesperados, nossos heróis correm de seu ultimo inimigo, um de seus, Nathan Petrelli. Após Matt desenhar uma série de imagens proféticas, o destino trágico de alguém próximo dele é revelado. Em algum lugar, Sylar continua a busca por seu pai e encontra um jovem deslocado, com algumas informações e poderes próprios.

Os planos de Nathan encaram um problema, quando a segurança nacional inicia uma investigação por ordem direta do presidente dos EUA. Sylar e Luke caem na estrada para encontrar o pai de Sylar, sendo secretamente caçados pelos agentes de Nathan. As coisas se complicam na família Bennet quando Claire entra em ação para proteger um jovem com poderes para não ser capturado por HRG. Em algum lugar, as imagens proféticas de Matt levam Hiro e Ando até a Índia, e um misterioso aliado aparece para ajudar os heróis.

Enquanto é mantido refém, HRG é submetido ao interrogatório implacável de Matt, revelando como ele se envolveu com o plano de capturar pessoas com poderes de Nathan. Enquanto isso, a descoberta de Matt leva Peter a ficar frente-a-frente com o "Caçador".

Depois de receber uma dica do "Rebelde", Matt e Peter correm até o Prédio 26 para resgatar Daphne e recuperar arquivos que irão expor o plano governamental para pessoas com poderes. Claire encontra ajuda de uma fonte inesperada para tirar Alex da cidade. Enquanto Sylar e Luke continuam sua viagem, Sylar começa a ter lembranças de seu pai que o leva a descobrir a verdade sobre sua mãe. E o "Caçador" revela seus interesses ocultos com uma explosiva surpresa para um dos heróis.

Quanto Sylar fica cara-a-cara com seu pai ausente, o reencontro prova ser o que ele menos esperava. Em algum lugar, depois de receber uma dica do "Rebelde", Claire precisa decidir se ela vai ajudar seu inimigo Eric Doyle a não ser capturado. Enquanto isso, o "Caçador" planeja desmascarar os segredos da família Petrelli e tomar o controle da operação de Nathan. Matt se encontra no foco da atenção pública na capital americana.

HRG convence Emile Danko, conhecido como o "Caçador", a libertar Tracy do prédio 26, na esperança de que ela os leve até o "Rebelde". Assim que Ângela foge da captura, ela recorre a uma antiga amiga em busca de ajuda. Em Los Angeles, Hiro e Ando continuam a cumprir a ultima missão do "Rebelde" para proteger o mais novo herói visto.

Agora que o poder de Nathan foi revelado e ele perde o controle de sua operação, ele e Claire se escondem no México. Com Emile Danko no controle da operação do governo, seu plano de destruir todas as pessoas com poderes entra em ação, e ele se alia com um improvável parceiro. Enquanto isso, Ângela e Peter encontram refujo numa igreja e começam a reparar seu relacionamento problemático.

Enquanto Danko avança com a operação do governo, alguém próximo dele é colocado na linha de fogo. A vida de HRG continua a seguir fora de controle, e seu casamento, chega perigosamente próximo de um fim. Enquanto isso, Hiro e Ando continuam sua viagem com uma entrega especial para Matt Parkman. Em algum lugar, Ângela Petrelli desenterra os demônios de seu passado.

Enquanto Nathan, Claire, Peter e HRG ajudam Ângela a desenterrar seu passado, ela revela os segredos sombrios que a assombrou por anos. Enquanto isso, Mohinder fica sabendo do envolvimento de seu pai numa operação do governo esquecida a muito tempo.

Sylar segue com sua parceria incomum e começa a ter inesperadas crises de identidade. Hiro e Ando tomam medidas para derrubar o prédio 26. Enquanto isso, a recém descoberta paternidade de Matt o faz mudar suas prioridades. Em algum lugar, Nathan coloca em prática um plano para corrigir os erros da sua operação junto ao governo.

Nathan enfrenta Sylar que tenta impedi-lo de ver o presidente. Sylar tem seus próprios planos para essa nova parceria. Enquanto isso, Hiro aprende que há consequências para sua tentativa de usar seu poder. Em algum lugar, Matt é forçado a fazer algo extraordinário para proteger seu futuro e o de sua família.