Uma equipe de cinco soldados - Duke, Ripcord, Tunnel Rat, Roadblock e Scarlett - são enviados para investigar uma instalação COBRA. Eles descobrem a nova arma ultrassecreta do COBRA, Bio-Vipers, mas são descobertos e forçados a explodir as instalações para se salvarem.

Depois de sobreviver à explosão da fábrica COBRA, a equipe deve rastrear um Bio-Viper que escapou da explosão antes que destrua a cidade vizinha de Springfield. No entanto, a equipe foi incriminada pela explosão e agora é conhecida como "Renegados" pela mídia, mas quando questionada pelos residentes sobre quem eles realmente são, Duke responde: "Somos apenas Joes comuns, senhor."

A Baronesa contata o mercenário Major Bludd para rastrear e assassinar um alvo - um ex-funcionário da COBRA e blogueiro da Internet - que eles acreditam ter roubado um de seus scanners de dados.

Os Joes se refugiam no dojo de Snake Eye, onde treinam com ele e conhecem seu primeiro aprendiz Jinx. Eles também aprendem sobre sua conexão com Storm Shadow e seu passado conectado no clã ninja Arashikage.

A equipe Joe se reagrupa após uma emboscada de Storm Shadow. Snake Eyes e os Joes devem caçá-lo e bolar um plano para resgatar Jinx, que foi sequestrada por seu primo.

Duke vai para casa para proteger sua família de Cobra; a equipe se infiltra na festa de Natal do Cobra.

A Baronesa tenta recuperar o controle do drive que guarda os segredos de Cobra.

Fazendo-se passar por um pregador que ajuda veteranos, Scrap-Iron sequestra Tunnel Rat e o usa para testar uma "exo-armadura" armada para James McCullen e seu M.A.R.S. Indústrias. Ele conhece Ralph Pulaski (também conhecido como Steeler) em outro traje e eles devem lutar entre si para sobreviver. Roadblock então tenta um resgate permitindo-se ser capturado, mas ele também é forçado a usar um exotraje. Agora o resto do Joe tem que salvá-lo também.

Os Joes fazem uma parada em uma pequena cidade no Kansas e rapidamente se envolvem com os Dreadnoks, seu líder Zartan e um covarde xerife local. Agora eles devem correr contra o tempo para ajudar os locais a se libertarem do reinado de terror dos Dreadnoks, devolver a coragem ao xerife, colocar toda a gangue atrás das grades e escapar antes que Flint chegue para prendê-los.

Duke é preso injustamente quando é pego em um desmanche enquanto procura uma peça de reposição para o veículo. O resto do G.I. Joe deve tirá-lo da prisão fazendo com que Roadblock seja preso. Eles logo descobrem que o diretor da prisão está fazendo os prisioneiros lutarem entre si para se divertir. Agora G. I. Joe deve tirar Duke e Roadblock e expor as atividades ilegais na prisão.

Adam DeCobray contrata James McCullen da M.A.R.S. Industries para trabalhar em um projeto para combinar os Bio-Vipers do Dr. Mindbender com seus trajes de exo-armadura fracassados. Enquanto isso, os Joes se infiltram em uma fortaleza Cobra após receber informações sobre os planos de DeCobray de quem eles pensavam ser o denunciante mascarado de Breaker. Durante a tentativa, Mindbender revela um segredo mortal que leva DeCobray a se revelar como o Comandante Cobra. James McCullen se torna um "Destro" (afastado / alienado) ao ser forçado a usar uma máscara de ferro como um símbolo de sua tentativa de traição e uma marca de sua servidão a Cobra.

Quando a cidade de Green Ridge recebe uma ordem judicial para interromper a construção de uma barragem construída pelas Indústrias Cobra, a Baronesa e o Doutor Mindbender enviam Firefly para queimar esta antiga cidade turística, deixando-a para G.I. Joe e um bombeiro local para detê-lo.

Os Joes estão presos em uma comunidade semelhante a um culto.

Lady Jaye e Flint usam Zartan para rastrear os Joes. Enquanto isso, a Baronesa tenta levar um traje de camuflagem para Cobra.

O protótipo Shadow-Vipers e Storm Shadow seguem os Joes até o Canadá, onde estão se escondendo com Snow Job.

Quando os Joes roubam um projeto secreto de bio-viper de Cobra, eles decidem retornar a Washington DC para mostrar ao General Abernathy. Eles percebem que não podem chegar lá antes que seu novo prêmio descongele, então a passagem fretada de Joes no barco do capitão Shipwreck. Enquanto isso, a víbora se solta no meio da viagem e os Joes devem descobrir como pará-la sem acabar no fundo do mar.

Rastreando o sinal do protótipo Techno-Viper após sua derrota, os Joes acabam na Escócia. Enquanto estavam lá, os Joes ficaram presos dentro do castelo de Destro durante uma missão de reconhecimento investigando uma arma Cobra chamada Bio-Dag, um míssil que distribui Bio-Vipers nas massas.

Os Joes planejam invadir uma cúpula de comunicações realizada pela Baronesa no Cisarovna Chateau, onde descobrem um esquema de controle mental envolvendo a invenção "Black Adder" das Indústrias Cobra. Este dispositivo celular pode assumir o controle de sua competição por manipulação cerebral usando a tecnologia de controle mental do Doutor Mindbender extraída da habilidade psíquica de Tomax e Xamot. No entanto, os Joes logo descobrem que outra pessoa se infiltrou na propriedade com um machado para moer contra a família Cisarovna e seu reinado.

Os Joes descobrem um vírus mortal Anaconda Strain enquanto procuram por um cientista desaparecido e descobrem o plano de Cobra de lucrar com a venda de seu antídoto.

Os Joes invadem as instalações médicas do Cobra para procurar o "Paciente X" (que foi usado anteriormente como cobaia para a criação do vírus Anaconda Strain) e qualquer outra informação que os ajudasse a prevenir um surto. Eles logo descobrem que o Paciente X é na verdade um Ripcord amnésico e ajudam a recuperar sua memória. Enquanto isso, o Comandante Cobra é informado pelo Doutor Mindbender que esta é uma boa oportunidade para rastrear a localização e os movimentos dos Joes, já que sua interferência agora está aberta.

Os Joes vão para Nova York para encontrar uma criança desaparecida. Enquanto investigam, eles encontram um Sewer Viper sendo perseguido por um Mindbender.

Quando Scarlett e Snake Eyes se infiltram nas instalações secretas do Comandante Cobra, eles descobrem que o Comandante Cobra está escondido nas instalações após um ataque ninja em sua própria casa. A ameaça do ninja faz com que a Baronesa chame Storm Shadow para proteger o Comandante Cobra. Logo é descoberto que o ninja é na verdade Jinx em um traje de alta tecnologia feito por Destro's M.A.R.S. Industries e ela descobre o que realmente aconteceu no dia em que o Hard Master foi morto. Storm Shadow também confessa a verdade para ela e agora não tem mestre quando deixa Jinx para ser o líder legítimo do clã Arashikage. Ela jura que a partir de agora o clã seguirá o caminho que seu pai pretendia - abandonar os velhos hábitos e abraçar o novo - usando tecnologia.

Flint contrata o tenente Hershel Dalton (também conhecido como Heavy Duty) para prender seu primo Roadblock enquanto ele e a equipe estão em sua cidade natal, Biloxi, Mississippi. Enquanto isso, o Major Bludd ressurge e planeja sua vingança contra os Joes.

Enquanto investigam uma série de terremotos que atingiram a costa leste em uma semana, os Joes descobrem túneis subterrâneos sob um celeiro da Virgínia sendo construído por Cobra com uma enorme escavadeira de perfuração que acaba separando Duke e Scarlett dos outros. Como as estradas da Roma Antiga, eles descobrem que Cobra está construindo uma rede subterrânea com trilhos Maglev que lhes permitirá mover qualquer coisa, em qualquer lugar, a qualquer momento sem o conhecimento do público, fazendo com que todas as estradas levem a Cobra.

Depois de uma experiência com o que parecia ser o fantasma de seu pai Patrick O'Hara, Scarlett e os Joes vão para sua cidade natal, Atlanta, Geórgia, onde ela visita a casa de sua família vazia. Ela aprende com as imagens recuperadas por Snake Eyes que seu pai inventou o Molecular Assembler Scrambler Sender (também conhecido como MASS Device) para a Cobra Industries usar para teletransportar tropas para a batalha. Enquanto isso, a Baronesa comanda os Bio-Vipers para atacar os Joes quando ela descobre que a pedra no medalhão de Scarlett desempenha um papel na trama do Comandante Cobra para usar o Dispositivo MASS. O motivo de Snake Eyes usar uma máscara também é revelado.

Como o medalhão de Scarlett está em posse da Baronesa e do Dr. Mindbender, os Joes acabam levando a luta para as Cobra Industries ao se infiltrar em sua fortaleza para impedi-los de terminar o dispositivo MASS. Mais tarde, os Joes chegam a Washington DC no Destro's High Speed Sentry (também conhecido como tanque HISS) e são cercados pelo General Abernathy e os Falcons. Scarlett mostra a eles a prova do laboratório de que precisam limpar seus nomes. No final, os segredos das Indústrias Cobra são revelados e o Comandante Cobra declara guerra aos Joes. A transmissão original incluiu um segmento de trailer apresentando a versão em desenho animado Sunbow dos anos 1980 de Duke afirmando que a realidade dos Renegados era "apenas um sonho", separando especificamente as duas interpretações. As outras contrapartes da tripulação dos Renegados refutam a realidade dos Renegados, rindo da descrição que o Real American Duke lhes disse.