Full Metal Panic? Fumoffu é focado exclusivamente na parte cômica e são muitas as partes hilárias que aparecem na história. Sousuke Sagara ainda está tentando se adaptar a sociedade, mas isso é um pouco, senão impossivel, dificil. Até mesmo sua superior, Tessa Testarossa, resolve tirar férias e passar uns dias sendo uma aluna... da mesma clase de Sagara e Chidori... Isso sem mencionar o Bonta-kun... Quem? Uma arma-mascote...

Sousuke Sagara, membro de uma organização militar privada secreta e antiterrorista conhecida como Mithril, encarregada de proteger Kaname Chidori, uma espirituosa garota japonesa do ensino médio.