Illyasviel Von Einzbern, ou Illya abreviando, é uma típica garota das que vivem na cidade de Fuyuki. Um dia, enquanto ela tomava banho, Kaleido Ruby, um misterioso cajado mágico apareceu e tenta convencê-la de se tornar uma garota mágica.

Rin explica algumas coisas sobre magia para Illya. Mais tarde, Illya recebe uma carta marcando um encontro à noite. Ela não podia imaginar onde estava indo nem o que estava prestes a enfrentar. Durante o desespero e com poucas instruções do seu cajado, Illya tenta fazer o que pode, enquanto seu inimigo se prepara para o golpe final.

Uma garota misteriosa aparece. Ela se chama Miyu e foi transferida para a escola de Illya. Além de ser boa em tudo, ela acaba de se mudar para a casa da frente onde Illya mora. Algo não parece estar certo nesse ambiente, mas Illya ainda não consegue entender.

Os dois times: Illya e Rin, além de Miyu e Luvia, vão rumo às margens de um rio para enfrentar Caster e capturar a próxima carta. Como Caster sempre ataca do alto, Illya e Miyu devem aprender a voar para conseguir derrotá-la. Illya consegue voar facilmente, porém Miyu não tem a mesma facilidade.

As garotas mágicas estão enrascadas. Um inimigo muito forte aparece, de repente. Elas têm duas opções: matá-lo rapidamente ou fugir. Em meio à tribulação, surge uma esperança. Será que Ruby e Sapphire vão conseguir mudar o rumo da batalha?

Rin e Luvia descansaram após a intensa batalha contra a Carta de Classe Saber. No entanto, um contra-ataque inesperado as pegou desprevenidas. Tudo parece perdido, mas Illya tem uma carta na manga que nem mesmo ela conhecia. Quem vai salvar quem?

Todas elas conseguiram sobreviver de alguma forma, mas no outro dia Illya apareceu com uma febre devido ao grande esforço físico. Illya fica em casa para descansar junto de Miyu, a qual ela tinha ligado através da vídeo chamada entre Sapphire e Ruby.

Depois da luta com Assassin, Illya ficou traumatizada. Tem sido difícil para ela falar com qualquer pessoa e todos ao seu redor perceberam que ela não está bem. Miyu parte sozinha para o confronto com a última carta. E Illya decide conversar com ela.

Miyu está decidida a capturar a última Carta de Classe sozinha. Enquanto isso, a mãe de Illya aparece de surpresa. Enquanto Miyu está lutando, Illya conversa com sua mãe sobre a amizade que elas tinham. A amizade se torna um vínculo entre a vida e a morte para Miyu e Illya. Eis que brilha a luz em meio à escuridão.

Mesmo após se aproveitar do poder real das Cartas Classe e conseguir ferir Berserker, Miyu ainda está enfrentando uma dura batalha. Só que Illya se decide e vem para salvar Miyu dessa situação. Apesar de Berserker, o maior inimigo que elas já enfrentaram, ainda estar de pé, quando as duas Kaleid Liners combinam seus poderes, um milagre acontece!