Sete meses após a chegada da nova raça alienígena, os Volm, a resistência continua a lutar contra os invasores, aliados aos Volm e aos saltadores rebeldes. Tom é eleito o presidente dos Novos Estados Unidos em Charleston, trabalhando em conjunto com o embaixador Volm, Cochise e a recém-chegada Marina Peralta, bem como com Weaver. Crescem tensões quando suspeita-se da existência de um espião.

Os Volm descobrem uma fonte de energia para as armas Espheni e encorajam Tom a buscar sua destruição. Hal tem pesadelos envolvendo seu relacionamento com Karen. A lealdade dos Volm é questionada. A equipe também descobre que um espião está entre eles.

O aniversário de dois anos da invasão alienígena está se aproximando rapidamente enquanto o povo de Charleston se prepara para outra ofensiva potencialmente devastadora. Um ataque de atiradores por um atirador improvável cria perguntas e dúvidas dentro do novo governo.

Depois que o povo de Charleston derrotar outro ataque alienígena com a ajuda de novas armas avançadas, Tom é convidado a se encontrar com um líder poderoso (estrela convidada Stephen Collins).

Quando uma missão dá terrivelmente errado, Tom e Pope devem confiar um no outro para sobreviver. Enquanto isso, Weaver e companhia procuram desesperadamente por dois membros da 2ª Mass que desapareceram.

Hal finalmente revela sua luta interna para todos, e isso não é bom para os maçons.

Os maçons se deparam com problemas na estrada quando uma família de foras-da-lei intercepta sua missão de busca e salvamento.

As coisas parecem muito calmas para Tom, fazendo-o suspeitar de seu entorno.

Tom descobre informações confidenciais sobre o coração da operação alienígena. Enquanto isso, Charleston se prepara para montar uma ofensiva contra os Espheni, mas uma enorme explosão faz a operação parar.

Quando a 2ª mass destrói uma base crucial de Espheni, um inimigo implacável é derrubado e a família Mason está reunida com aqueles que foram perdidos.