Takuya recebe uma mensagem em seu celular, que pergunta se ele deseja começar um jogo que vai mudar o seu futuro. Seguindo as instruções do jogo, o garoto sai de casa e vai para uma estação de trem. Lá, ele embarca junto de J.P., Tommy e Zoe. O trem desembarca em um lugar do Digimundo, onde são atacados por Cerberusmon. Takuya encontra um digi-espírito e evolui para AGNIMON, que consegue destruir Cerberusmon. Eles também conhecem Bokomon e Neemon.

J.P. e Tommy tentam voltar para casa e separam-se do grupo. Outro garoto, Koji chega ao Digimundo. De repente, um Pagumon que queria o chocolate de J.P., digievolui para Raremon e começa a atacá-los. Agnimon tenta destruir o oponente, mas ele não consegue controlar seus poderes e é derrotado. Raremon lança Koji dentro de um poço, onde ele encontra seu digi-espírito e evolui para LOBOMON, que destrói Raremon.

Todos, com exceção de Koji dirigem-se para o Terminal da Floresta, mas encontram uma vila, onde vivem Candlemons no caminho. Ele fingem ser hospitaleiros e atacam os DigiEscolhidos. Agnimon tenta detê-los, mas seus ataques não funcionam. Determinado a ajudar Agnimon, Tommy ataca os Candlemons, consegue seu digi-espírito e evolui para Jackemon[[|KUNAMON]]. Ele consegue congelar um dos inimigos, mas um deles evolui para Wizardmon e o derrota. Com a ajuda de Jackemon, Agnimon consegue derrotar Wizardmon e purifica-o em seguida. Estes digimons estavam sob a influência maligna de Kerubimon.

Indecisos sobre qual direção tomar, Takuya e Zoe seguem direções opostas. Zoe e J.P. chegam à Aldeia da Brisa, onde vivem Floramons. Elas estão tristes, pois a Aldeia da Brisa, costumava ser um paraíso turístico, mas hoje, está em decadência. Zoe e J.P. decidem ajudar as Floramons a reconstruir a aldeia. Mas, logo eles são atacados pelos Mushmons que começam a destruir tudo. Determinada a ajudar as Floramons, Zoe consegue o digi-espírito e evolui para KAZEMON e derrota facilmente todos os Mushmons, mas eles evoluem para Woodmon e derrotam Kazemon. Lobomon aparece e derrota Woodmon, removendo as influências de Cherubimon. No final do dia, o grupo se reencontra.

As quatro crianças chegam à Fábrica dos Ventos, que está sobre o domínio de terríveis digimaus. Takuya cria uma estratégia de ataque para libertar os réfens. No entanto, espiões descobriram tudo e esperavam pelo ataque surpresa. J.P. não queria lutar pois não possuía digi-espírito. Influenciado por um digimon, J.P. vai ajudar seus amigos. Na batalha contra um Snimon, J.P. recebe o digi-espírito do trovão e evolui para BEETLEMON, que derrota e purifica Snimon. Pela manhã, o grupo continua sua jornada.

Takuya, J.P., Tommy e Zoe decidem ajudar os GoldNumemons, em troca de comida. Chegando em seu vilarejo, encontram Koji que está ajudando os GoldNumemons. Durante a noite, um novo guerreiro, porém inimigo, aparece: Grumblemon. Ele evolui para Gigasmon usando um digi-espírito fera. Agnimon, Lobomon, Beetlemon, Chakkumon e Kazemon lutam contra Gigasmon. Durante a batalha, Gigasmon encontra o digi-código da montanha e separa o grupo.

O grupo cai do penhasco e se separa. Takuya, Koji e Tommy vão para uma estranha cidade voadora. Lá, os ToyAgumons corrompidos ajudam WaruMonzaemon a sequestrar Tommy. Graças à Agnimon e Lobomon, Tommy é libertado e WaruMonzaemon é purificado. Monzaemon ajuda o grupo a encontrar seus amigos.

Zoe, J.P., Neemon e Bokomon encontram uma escola onde um pequeo digimon, chamado Tsunomon tem problemas com os colega. Isso por uqe, o Tsunomon consegue digivolver para Gabumon, mas seus colegas tem medo dele. A represa perto da escola se rompe, Kazemon e Beetlemon não consegeum salvar a todos e Tsunomon digivolve e ajuda seus amigos. Todos admiram o pequeno digimon e entendem a digivolução. O grupo se reencontra no final da tarde.

Depois de um longo dia de caminhada,todos estão cansados. Eles param param perto de uma floresta, e um digimon confunde os pensamentos de Tommy. Depois de uma luta, thomy volta ao normal e Lobomon purifica o digimon inimigo.

Koji se separa do grupo, mas Bokomon e Neemon resolvem segui-lo, eles conhecem Ghotsumon num campo, então Gigasmon começa a atacar o lugar onde todos os Gothsumons moram Gigasmon rouba o digiespírito Kazemon, mas Koji consegue seu digiespiríto KendoGarurumon .

Takuya e os outros vão a uma feira e Bokomon fala para eles procurarem um Digimon. Gigasmon ataca a feira e todos começam a lutar, mas quando Koji vai digevoluir um digimon que estava com Gigasmon deixa Koji imóvel. Todos perdem para Gigasmon e para o outro digimon. Tommy perde o DigiEspírito de Chakkemon. BurningGreymon e ataca todos os digiescolhidos, e Takuya percebe que BurningGreymon era o digimon que ele tinha falado, e decide lutar contra ele. No começo Agnimon perde a batalha, mas depois acerta muitos golpes e pega o digiespírito de BurningGreymon. Quando Agnimon ganha o digiespírito, se transforma em BurningGreymon. No entanto, Takuya não consegue controlar o DigiEspírito Fera, e ataca os outros DigiEscolhidos. Koji digivolve para KendoGarurumon e vai tentar deter BurningGreymon.

Bokomon pede para Zoe o digiovo de Seraphymon e começa a chocá-lo.Eles fogem de Arbormon e Grumblemon e vão parar em uma caverna sem saída.Agnimon e Lobomon tentam derrotar Petraldamon,o digiespírito fera de Arbormon,mas não conseguem.JP encontra o digiespírito de Metalkabuterimon e derrota e purifica Grumblemon.Zoe recupera o digiespirito de Kazemon e no final a turma vai parar em uma ilha.

Separado do resto do grupo, Koji continua a pensar no que Duskmon lhe contou sobre ser seu irmão gêmeo. Takuya sai para procurá-lo, enquanto Zoey, Tommy e JP esperam seu retorno. Patamon também sai à procura de Koji e Bokomon e Neemon vão atrás dele. Duskmon se encontra com Cherubimon e recebe ordens para matar Koji e os outros. Duskmon se recusa, pois alega que não pode matar seu próprio irmão. Bokomon encontra Patamon, e logo em seguida avista Takuya. Patamon sente a presença de Koji e guia os demais ao seu encontro. Cherubimon persuade Duskmon com o poder das trevas, fazendo-o esquecer de suas lembranças novamente. Ele se torna Velgrimon e parte para aniquilar Koji. Koji está caminhando quando dá de cara com Velgrimon, e o mesmo digievolui para BeoWulfmon para confrontá-lo.

Mesmo com o ataque feroz de Lucemon, que destruiu a Lua Amarela do DigiMundo, os DigiEscolhidos sobrevivem. Takuya e Koji chegam logo em seguida, protegidos pelo poder de Salamon, Lopmon e Patamon. Koichi e Koji conversam sobre a mãe dos dois, enquanto sem querer, Bokomon conta sobre a preocupação de Koichi por seu DigiCódigo nunca aparecer após ser atingido nas batalhas, enquanto os dos outros sempre apareciam. Lopmon, Patamon e Salamon avisam que mesmo juntando o poder dos Dez Guerreiros Lendários, também é preciso que a Luz e a Sombra se unam. Takuya então, deduz que possivelmente Koji e Koichi são a chave de tudo. Lucemon junta os dados dos espíritos da escuridão para iniciar a travessia para o mundo humano e Takuya e os outros percebem suas atitudes e decidem impedí-lo. Eles Digievoluem e o atacam, mas é inútil, tendo em vista que o poder do Lorde é infinitamente superior.

Com o aparecimento de Sussanoomon, os Digiescolhidos finalmente têm um adversário à altura do Lorde. Os dois guerreiros lutam, e Lucemon tenta novamente usar a técnica do Sacrifício Supremo, mas ela é evitada por Takuya e Koji, que se dividem em almas e digiespíritos pra escapar do ataque. Assim, os dois usam o ataque mais poderoso de Sussanoomon, cortando-o ao meio e o vencendo. Os dados de Lucemon são coletados, e o digiovo dele se desintegra e começa a limpar a área sombria do DigiMundo. Porém, um digiovo negro fica em seu lugar, e vai sugando os dados da área sombria do DigiMundo que restaram.

Após serem golpeados por Lucemon, os digiescolhidos se encontram impotentes, pois não possuíam poder para fazer frente ao Lorde. O digiespírito de Agnimon aparece e lembra Takuya de que eles juntos são mais fortes do que imaginam. Assim, os 10 guerreiros lendários reaparecem, enquanto Takuya e os outros recebem uma mensagem dos Três Arcanjos, que os encorajam a acreditar nos Digimons e neles mesmos também. Então, munidos disso, os escolhidos se transformam em Sussanoomon, e conseguem trazer Lucemon de volta para o DigiMundo. Takuya lembra que foi dito que Lucemon Modo Satan não possuía consciência, e que alguém o controlava. Sussanoomon adentra na esfera negra do Modo Satan e encontra Lucemon Modo Larva escondido lá dentro, controlando o monstro.