A história parte do momento em que as crianças são informadas de que seus pais faleceram em um terrível incêndio que ocorreu em sua mansão, destruindo-a. Depois do incêndio, as crianças vão viver sob tutela de um parente distante, o Conde Olaf, um homem terrível e pouco higiênico que tenta roubar a enorme fortuna que seus pais lhes deixaram. As três crianças mudam diversas vezes de tutores, sempre por conta das armações do Conde Olaf, que continua seguindo as crianças, em disfarces ridículos, sempre com um plano diferente para roubar a fortuna dos órfãos. As crianças tentam avisar sobre o que as atormentam, mas nenhum adulto chega a acreditar, fazendo com que saiam de situações perigosas por conta própria.

O azar leva os Baudelaire de lugares terríveis para locais piores ainda. Pelo menos, os órfãos estão cada vez mais perto da resposta para o mistério do passado dos pais.

Na terceira e última temporada, nada vai impedir os irmãos Baudelaire de desvendar o mistério da CSC e escapar de vez do conde Olaf.