As férias de verão já terminaram e o segundo semestre começou na escola de Tomoya. O pai de Nagisa, Akio, pede a Tomoya que forme um time de beisebol para um jogo local contra o time do distrito comercial vizinho.

Mei ficou preocupada com o irmão mais velho, porque ele ainda não tem um plano após o colegial e, por enquanto, fica no Nagisa. Baseado em um breve comentário de Youhei, Tomoya teve a idéia de pedir a uma garota que se apresentasse como sua namorada, para que Mei parasse de se preocupar com ele.

Yohei e Sanae saem em um encontro, acompanhado por Mei, Tomoya e Nagisa. Durante a data, o grupo testemunha uma jovem sendo intimidada por alguns meninos um pouco mais velhos. A cena é resolvida pelas meninas irmão mais velho correndo para ajudar sua irmã.

Youhei não vem às aulas ultimamente, e seus amigos e Mei estão preocupados com a situação dele. Mei, Tomoya e Nagisa visitam o clube de futebol e tentam convencê-los a deixar Youhei voltar. Após uma árdua tarefa de buscar bolas de futebol, o clube ainda não deixará Youhei voltar ao time.

Tomoya e Nagisa visitam Youhei e passam algum tempo conversando com Misae e Tomoyo, que vem atrás deles. Mais tarde, quando Tomoya e Nagisa estão conversando com Misae em particular, Tomoya começa a adormecer.

Depois de superar Igarashi, Misae começa a sair mais com Katsuki e começa a se apaixonar por ele. Um dia, Katsuki percebe depois de ir para sua casa com dois amigos de Misae que ele não é de fato Katsuki Shima, mas um gato que foi enviado pelo moribundo Katsuki Shima para atender ao desejo de Misae.

Tomoya, Nagisa e Youhei finalmente descobrem que Yukine é respeitada pelas duas gangues rivais da cidade, pois ela ajuda os membros de ambos os lados depois que eles se machucam. Seu irmão mais velho é o líder de uma das gangues, e um garoto chamado Yu vem até ela para encontrar sua irmã mais velha, que aparentemente está namorando um cara da gangue de irmão de Yukine.

Tomoyo fala com Yukine e os outros sobre ouvir que a polícia tenta se envolver na briga entre duas gangues, e se as coisas piorarem. Tentando evitar uma grande briga, Yukine vai com Tomoya para tentar convencer uma outra gangue a sair de uma briga, e o líder decide uma briga entre ele e o irmão de Yukine, Kazuto.

Tomoya e seus amigos estão se aproximando da formatura e discutindo o que farão depois que se formarem. Kyou deseja ser professora de jardim de infância, Ryou espera ir para uma escola de enfermagem, Kotomi quer estudar na América e Youhei aspira a ser modelo.

Logo após sua formatura, Tomoya decide ser mais independente e trabalha para esse objetivo, primeiro contratando um emprego na padaria. Enquanto isso, Nagisa começou seu novo ano letivo, embora faça poucos amigos e sua tentativa de restabelecer o clube de teatro termine em fracasso.

O trabalho tem altos e baixos para Tomoya. Ele não quer que seu chefe descubra que ele tem um ombro ferido, com medo de perder seu novo emprego. Ele promete a Nagisa que ele se juntará a ela no Festival dos Fundadores, mas o trabalho fica ocupado e, enquanto seus colegas de trabalho o teriam coberto, ele queria provar seu valor.

Yusuke conta a Tomoya um pouco sobre seu passado e como ele conheceu Kouko no ensino médio. Depois de se formar, Yusuke se tornou um cantor e compositor de sucesso, mas no final tudo desabou e ele começou a usar drogas.

Tomoya tenta convencer Akio a conversar com ele sobre sua decisão de se casar com Nagisa. Akio, no entanto, só conversará com ele se conseguir um golpe decente com uma partida de beisebol. Tomoya continua praticando bater a bola até ficar bom o suficiente para enfrentar Akio novamente.

Nagisa e Tomoya agora são um casal morando juntos. Nagisa tenta encontrar trabalho e começa a trabalhar em um restaurante familiar com Nishina. Akio e Tomoya visitam Nagisa no trabalho e assustam alguns clientes que estavam atingindo Nagisa.

Nagisa fica cada vez mais acamada devido a enjôos matinais. Nagisa quer dar à luz em casa, então Sanae apresenta Yagi, uma parteira que deve ajudar no parto. Mais tarde, Sanae diz a Tomoya que dar à luz será difícil por causa do fraco corpo de Nagisa e pode até colocar a vida de Nagisa em perigo, para que eles tenham que escolher o aborto.

O inverno chega e Nagisa entra nos meses finais de sua gravidez, mas ela fica doente novamente. Em um dia de neve, Nagisa entra em trabalho de parto duas semanas mais cedo e sua família, incapaz de transportá-la para um hospital a tempo, é forçada a fazê-la dar à luz em casa.

Cinco anos depois de Tomoya deixar Ushio com Sanae e Akio, ele passa seus dias no trabalho e gasta dinheiro em fumar e beber. Sanae e Tomoya saem juntos para a cidade, e ela pede que ele vá com ela e Akio em uma viagem em família; depois que Sanae continua a perguntar, ele aceita.

Durante a viagem, Tomoya compra um robô de brinquedo que ele escolhe para Ushio brincar depois que eles chegam ao campo. No dia seguinte, depois de ficar em uma pousada na noite anterior, Tomoya e Ushio dão um passeio pela área e encontram um campo de flores.

Tomoya e Ushio voltam da viagem juntos. Depois de passar uma noite com os pais de Nagisa, eles partem para o apartamento de Tomoya, onde ambos viverão a partir de agora. Algum tempo depois, Tomoya tira um dia de folga do trabalho e os dois se encontram com Kouko, cuja irmã Fuko foi libertada do hospital.

Quando Tomoya leva Ushio para a escola, ele conhece sua professora, que não é outra senão Kyou Fujibayashi, e eles conversam. Depois disso, Tomoya vai trabalhar e Yoshino pede que Fuko jogue com Ushio, já que ela gosta dela. Tomoya concorda com isso e Fuko chega em sua casa para brincar até a noite em que ela volta para casa.

A febre de Ushio não diminui e Tomoya decide ficar em casa para cuidar dela. Caso ele tenha que sair de casa, ele chama Akio e Sanae para substituí-lo. Ushio diz a Tomoya que ela quer viajar novamente como na última vez, mas ele recusa e diz que isso acontecerá quando ela melhorar.

A garota no Mundo Ilusório está morrendo na neve, e o robô se arrepende de tê-la viajando. A garota pode finalmente ouvir o robô e diz a ele que eles já existiram em outro mundo. Enquanto ela canta a música de "Dango Daikazoku", o Mundo Ilusório começa a entrar em colapso.