Na estreia da série, Mason Kane e Nadia Sinh, os melhores agentes da Citadel, vão de encontro a uma nova organização criminosa, a Mantícora, e isso acaba em uma catástrofe. Oito anos depois, Mason Kane vive uma vida pacata como "Kyle Conroy", sem lembrança do seu passado. Até que um dia um velho colega recorre à sua ajuda para impedir a agora poderosa Mantícora de criar uma nova ordem mundial.

Kyle e Bernard viajam para Nova York para roubar a maleta da Citadel da sede da Mantícora antes que seja tarde demais. Logo depois, Kyle descobre que uma pessoa do seu passado ainda está viva e arrisca tudo para encontrá-la.

Quando Kyle e Nadia entram num antigo esconderijo, pistas sobre a vida que tiveram juntos começam a aparecer. E então, eles ficam sabendo que um antigo aliado pode ser a chave para deter a Mantícora, mas ele está preso em Marrocos. Para conseguir salvá-lo, eles precisam recorrer à ajuda de um chefe do crime local. Mas a missão é comprometida conforme os segredos do passado vão sendo desenterrados.

Depois da revelação chocante da identidade de Abby, ficamos sabendo das relações do passado entre Mason, Nadia e Celeste, e de uma decisão horrível que até hoje traz consequências. Nadia e Kyle chegam ao complexo da Mantícora em Marrocos e arriscam as suas vidas para libertar um antigo colega espião. Mas a recepção do seu herói dura pouco, pois eles são forçados a lidar com uma acusação perigosa.

Nadia, Kyle e Carter são obrigados a trabalhar juntos para escapar da Mantícora e proteger a maleta, mas a suspeita de um dos nossos heróis não pode mais ser contida, e isso leva a um acerto de contas explosivo.

Na conclusão da temporada, com um dos seus colegas sendo mantido como refém pela Mantícora, Kyle, Nadia e Carter arriscam tudo para salvá-lo e frustrar os planos da Mantícora de conseguir armas nucleares. Enquanto os nossos heróis lutam contra a ameaça nuclear, a identidade do agente infiltrado na Citadel é revelada, assim como a terrível verdade de que tudo o que eles sabem é mentira.