Castle e Beckett colocam de lado questões sobre seu relacionamento para enfrentar as forças responsáveis pelo assassinato da mãe de Beckett.

No primeiro dia de Beckett de volta de sua suspensão, ela e Castle entram no mundo obsceno da televisão local quando uma repórter do tempo é encontrada morta. Como se entrar nessa indústria de facadas nas costas e ambições desmedidas não fosse difícil o suficiente, eles precisam fazer isso escondendo seu relacionamento dos colegas de trabalho.

Quando uma mulher é assassinada, Castle e Beckett acham que uma unidade de armazenamento recuperada pode ter uma conexão com a morte dela.

Os planos de Castle e Beckett para um fim de semana romântico nos Hamptons são interrompidos por um homem que tropeça no jardim de Castle e cai em sua piscina. Incapazes de resistir à sedução da investigação, eles se juntam ao bem intencionado, porém inexperiente xerife da pequena cidade para encontrar o assassino.

Enquanto investigam um chocante assassinato ritualístico, Beckett e sua equipe descobrem surpreendentes evidências que ligam Castle ao assassinato. Enquanto as evidências contra ele vão aumentando, as lealdades são testadas. E quando revelações surpreendentes vêm à tona, Beckett começa a questionar o quanto ela realmente sabe sobre seu novo amor e parceiro de quatro anos.

Quando Beckett e Castle investigam um assassinato em uma convenção de ficção científica, eles encontram ávidos fãs fantasiados, celebridades egoístas e um monte de drama.

Uma equipe de documentário segue Castle, Beckett e a equipe enquanto eles investigam o assassinato do guitarrista de uma banda de rock.

Enquanto recupera uma testemunha de assassinato, Castle e Beckett são emboscados, forçando-os a colocar a testemunha para fugir.

Castle e Beckett investigam quando um homem barbudo chamado Kriss Kringle cai do céu no Central Park; Beckett e Castle trabalham em uma lista de Natal juntos.

Vários ex-maridos irritados entram sob suspeita quando um advogado de divórcio, que só representava mulheres, é assassinado; quando Alexis fica doente, a ex-mulher de Castle se muda para o apartamento para cuidar dela.

Castle e Beckett conhecem a indústria de música estridente de Nova York quando eles investigam o assassinato de um DJ; Esposito coloca um adolescente problemático sob sua proteção.

Quando o fundador de uma franquia de vídeo adultos é assassinado, Beckett e Castle são confrontados com uma longa lista de suspeitos; Castle fica chateado quando Alexis inicia um vídeo blog revelador.

Castle e Beckett descobrem evidência que liga o assassinato de uma jovem mulher com o senador William H. Bracken (Jack Coleman) - o homem responsável pelo assassinato da mãe de Beckett.

A jovem estrela em ascensão de "As Esposas de Wall Street" é assassinada. Castle tenta dar um presente de Dia dos Namorados à Beckett, mas seus planos dão errado.

No primeiro episódio de um arco de história em duas partes, Castle e Beckett começam uma investigação de assassinato, que também expõe um plano para sequestrar a filha de um rico empresário do Oriente Médio.

Na conclusão da história de um arco em duas partes, os esforços de Castle sobre o caso de repente colocam sua própria vida em perigo.

Quando uma jovem parece ter, literalmente, morrido de susto três dias após assistir a um DVD "assombrado", Castle e Beckett mergulham em um dos casos mais assustadores de todos. Para piorar as coisas, Castle está convencido de que também está marcado para morrer quando acidentalmente assiste ao DVD amaldiçoado. O mestre do horror Wes Craven faz uma participação especial.

Quem é o verdadeiro Kevin Ryan? Após mais um teste para ser pai, Kevin chega à delegacia e surpreende seus amigos ao demonstrar seu passado.

Enquanto está preso em casa com a perna quebrada, Castle acredita ter testemunhado um assassinato que ocorreu no apartamento do outro lado da rua.

Quando Castle e Beckett encontram pegadas gigantes no local de um assassinato, o time é forçado a pensar na hipótese de que o Pé Grande é o assassino, e a investigação os leva a fazer uma pesquisa sobre primatas, criaturas mitológicas, entre outras possibilidades mais.

Quando Beckett é designada para proteger Erik Vaughn, um charmoso empresário bilionário cuja vida está em perigo, ela é forçada a refletir sobre seu relacionamento com Castle, que começou a estagnar. Enquanto isso, consumido pelo ciúme, Castle vai ao extremo para resolver o caso e separar os dois.

A vida de Beckett fica por um fio quando ela pisa em uma mina. Enquanto a equipe procura por um modo de desarmar o explosivo, Castle distrai Beckett discutindo com ela sobre quem se apaixonou por quem primeiro.

Quando a Departamento de Segurança Interna inexplicavelmente sela uma cena criminal envolvendo um carro-bomba, Castle e Beckett ficam com dois mistérios nas mãos: quem matou a vítima, um informante do governo? E por qual razão os agentes federais querem tomar conta do caso? A situação se complica quando eles descobrem que a vítima não foi morta pela explosão, mas sim por um míssil de origem militar.

No final da temporada, uma entrevista com um figurão da agência federal força Beckett a reconsiderar o que ela deseja de seu trabalho e de sua relação com Castle. Enquanto isso, o corpo de uma jovem é encontrado boiando em um tanque de uma pensão em uma bairro de má reputação, mas a investigação revela que o local de seu descanso final é apenas uma das muitas coisas estranhas sobre a morte da garota.