Brennan e o time do Jeffersonian estão trabalhando desesperadamente para tirar Booth da prisão, limpar seu nome e o absolver dos crimes que ele não cometeu. Os restos mortais de um homem dado como falecido 16 anos antes pode ser o ponto de origem de toda a conspiração governamental que, em última instância, levou Booth para a cadeia. Ao mesmo tempo, o marido de Brennan enfrenta um desafio do novo agente do FBI, alguém novo e politicamente ambicioso. Enquanto aguarda o julgamento, Booth também percebe que muitos dos condenados que ali estão são criminosos que ele mesmo colocou atrás das grades. Para completar, Daisy e Sweets tem uma surpresa para o resto da equipe do Jeffersonian.

Para descobrir quem foi o responsável por acusar Booth de assassinato, o Jeffersonian — com a ajuda do agente especial James Aubrey — continua a investigar quem está por trás da conspiração governamental que remonta a J. Edgar Hoover. Quando um DNA diferente é encontrado em uma vítima ligada ao escândalo, o time é capaz de diminuir o número de suspeito, o que os deixa perto de resolver o caso.

Com a ajuda do estagiário Rodolfo Fuentes, o Jeffersonian investiga a morte de um conservador e controverso radialista cujos restos mortais foram encontrados em um bueiro. Quando o time descobre algumas das atividades extracurriculares da vítima, eles se deparam com evidências chocantes que diminuem o número de suspeitos. Enquanto isso, o agente Aubrey está desesperado para ganhar a confiança de Booth, ao mesmo tempo em que Brennan está preocupada com o estado mental do marido após os eventos recentes.

O time do Jeffersonian, com a ajuda do agente Aubrey, investigam a morte de um designer de games cujos restos mortais foram encontrados na margem do rio. Quando o time descobre mais sobre a fortuna que ele adquiriu durante toda sua carreira, todas as pessoas próximas à vítima se tornam suspeitos. No entanto, a investigação segue por um caminho inesperado. Para completar, a estagiária Warren fala sobre o projeto de educação cooperativa que está envolvida e ajuda Brennan e Booth a discutirem o futuro de Christine.

O time do Jeffersonian comparece a uma convenção forense que traz Brennan como a principal palestrante. Restos mortais são encontrados na escadaria local, o que coloca a equipe para trabalhar. Enquanto várias pessoas tentam oferecer ajuda e produtos, evidências apontam para o Dr. Hodgins como suspeito, o que faz com que todos tentem encontrar formas de provar sua inocência. Como se isso não fosse suficiente, Brennan se depara com sua rival literária, Tess Brown, ao mesmo tempo em que Wendell revela novidades sobre seu diagnóstico de câncer, voltando a trabalhar com o grupo do Jeffersonian.

O time do Jefferson investiga a morte de uma imigrante cujos restos mortais foram encontrados no encostamento da rodovia. A rica empregadora da vítima, Sandra Zins, é a principal suspeita do caso, mas quando o time descobre que a falecida pode ter entrado no país ilegalmente, todos percebem que o caso pode ser ainda maior do que se imagina. Enquanto isso, a tensão entre Cam e Brennan aumenta enquanto Arastoo prepara sua dissertação para a aprovação de Brennan.

Restos mortais bastante danificados são descobertos embaixo de um brinquedo infantil, o que leva o time do Jeffersonian a iniciar uma complicada investigação ligada a um fundo de investimentos que vale um bilhão de dólares.O chefe da vítima se torna o principal suspeito da investigação, porém o caso acaba dando uma guinada depois que o time descobre evidências que incriminam a própria vítima. A investigação se torna ainda mais complicada pelo fato de que Aubrey sente uma conexão emocional com a vítima. Ao mesmo tempo, Brennan e Booth brigam depois que Christine fala seu primeiro palavrão.

Um famoso mestre na arte das palavras-cruzadas é encontrado morto, o que leva o time do Jeffersonian a investigar os competidores da vítima a fim de encontrar o assassino. A equipe descobre que o falecido estava sofrendo de uma doença mental antes de morrer, o que leva todos a perceberem que o caso é muito mais complicado do que parece. Para completar, Daisy busca o conforto de sua doula, Valentina, e mais tarde, o mais novo membro do time Jeffersonian nasce.

O time do Jeffersonian investiga os restos mortais de um professor de psicologia da faculdade, cujos controversos estudos sociais nos estudantes de graduação garantiram uma série de suspeitos extremamente motivados. Enquanto isso, Booth precisa fazer aulas online de direção, o que leva Brennan a se juntar a Aubrey no caso. Para completar, Wendell lida com seus sentimentos em relação à enfermeira responsável por sua quimioterapia.

Bones homenageia Alfred Hitchcock em um episódio que reimagina o Jeffersonian e o FBI nos anos 1950 de Hollywood. Brennan interpreta uma detetive da polícia de Los Angeles que batalha contra o sexismo na força, enquanto Booth vive um notório ladrão de joias que é mais do que parece ser. Booth é incriminado pela morte de uma rica socialite, o que o leva a se juntar a Brennan para limpar seu nome e encontrar a verdadeira identidade do assassino.

Quando um homem é preso no Parque Nacional Roosevelt gritando e segurando uma motosserra coberta de sangue, tudo leva para um corpo encontrado em decomposição no tronco de uma árvore.

Quando um corpo vestindo um bracelete de ouro é encontrado nas ruínas abandonadas de uma livraria, a equipe do Jeffersonian começa a investigação.

Um homem está fugindo de alguém o perseguindo... e tropeça em um local de demolição, onde ele explode. Quando seu corpo é encontrado em pedaços, a equipe do Jeffersonian descobre que seus tornozelos foram amarrados.

Um corpo é encontrado em um pilar em um estacionamento, onde ele esteve decompondo por cerca de uma semana.

Quando restos mortais mutilados são encontrados em um triturador industrial, a equipe do Jeffersonian rapidamente determina que a vítima era um homem branco na casa dos 30 anos, que morreu nas últimas 24 horas - antes de ser triturado.

Um corpo é encontrado em uma cova rasa em um parque local, morto há dois dias mas já 80% decomposto graças aos químicos corrosivos que o assassino despejou no corpo.

Molly Delson, estudante de 16 anos, é encontrada morta em uma vala nas florestas da Virgínia; sua pele quase desaparecida indica que ela está morta há quatro dias.

A apenas 48 horas da execução do assassino em série Alex Rockwell, Brennan está verificando mais uma vez os fatos de seu caso, como ela faz sempre que alguém está prestes a ser executado por conta de seu trabalho.

Um membro poderoso do parlamento iraniano sequestra Arastoo para que ele ajude em um caso de assassinato. Booth e Cam vão para o Irã, enquanto o resto do time do Jeffersonian corre contra o tempo para ajudar a prender o criminoso.

O corpo de um colecionador de jarros de biscoitos é encontrado, o que leva o time do Jeffersonian a mergulhar fundo na comunidade de colecionadores que a vítima pertencia, a fim de encontrar o assassino.

Os restos mortais de um ex-condenado e membro de gangue que se reinventou como um instrutor de ioga são encontrados após um incêndio na floresta, o que leva o time de Jeffersonian a mergulhar nos dois mundos do passado da vítima a fim de encontrar o assassino.

Angela se mostra cética com a decisão dela e de Hodgins de se mudar para Paris. Para completar, Booth e Brennan contemplam opções fora do Jeffersonian e do FBI.