Enquanto Danny e Baez escoltam drogas confiscadas para um local remoto para incineração, seu comboio é atacado e Baez é gravemente ferida, deixando Danny para perseguir o cartel de drogas responsável, na estreia da quinta temporada.

Boomer Esiason faz uma visita a Frank em seu escritório. Reagan agradece Esiason por seu trabalho na Fundação e pergunta se há algo que possa fazer como retribuição. Boomer então faz um pedido que até o Chefe de Polícia terá dificuldade em realizar.

Danny e Baez recebem temporariamente novos parceiros quando um policial é enviado para fora e seu parceiro atual não irá com ele. Enquanto isso, Frank compromete seu relacionamento com a Arquidiocese quando fala de equidade na força policial.

Quando Danny é acusado de uso de força excessivo, Frank deve decidir se deve defender seu filho ou a reputação de sua força policial. Jamie se dá bem com uma linda médica e Eddie não consegue esconder seu ciúme.

Jamie vira alvo de um criminoso vingativo após intervir em seu relacionamento abusivo com sua namorada. Frank precisa lidar com um escândalo político envolvendo comentários insensíveis feitos por Henry que foram vazados para a imprensa.

Frank e Danny estão determinados a prender um criminoso internacional que consegue escapar repetidamente de acusações de assassinato, mas têm dificuldades em conseguir as evidências necessárias para uma condenação.

Frank é pego de surpresa durante uma entrevista quando ele e o Promotor de Justiça interino discordam em uma questão. Enquanto isso, o novo chefe de Danny o acompanha, mas seus métodos e personalidades colidem.

Frank encara críticas públicas após a câmera de um policial dar defeito durante uma discussão com um cidadão. Danny e Baez lutam para proteger um informante.

Enquanto Danny e Baez investigam os assassinatos de três importantes líderes de comunidade que parecem ser vítimas de crimes de ódio, Frank se encontra com um grupo que quer se certificar de que esses incidentes sejam levados a sério.

Frank tenta encontrar evidências contra um suspeito assassino de policiais que atirou contra um policial colega de Henry anos atrás. Enquanto isso, Danny e Baez investigam uma onda de mortes envolvendo estrelas de filmes adultos, em Blue Bloods.

Danny enfrenta um conflito quando descobre que um grupo de veteranos do exército é responsável por um roubo. Enquanto isso, o susto de uma bomba no metrô acaba sendo o trabalho de um artista de rua famoso, no 100º episódio de BLUE BLOODS.

Jamie envolve Danny quando encontra um adolescente sem-teto que diz que sua tia foi morta pelo namorado. Enquanto isso, Erin fica irritada quando McCoy a substitui como procuradora em um caso envolvendo um oficial de penitenciária.

Danny e Baez investigam quando o proprietário de uma casa atira em um invasor, e descobre que o invasor era um assassino de aluguel. Um jovem advogado tenta trazer justiça para sua mãe, que Erin prendeu sob acusação de homicídio há 12 anos.

Danny e Baez investigam uma morte em um prédio luxuoso onde 20% das unidades foram tornadas acessíveis para as classes baixas. Além disso, Frank se incomoda com um detetive amigo de Gormley que tira vantagem de sua posição com brechas na lei.

Quando uma testemunha-chave abondona o caso, Erin tem a missão de trazer um informante de volta para Nova Iorque para um caso e mantê-lo a salvo. Frank entra em uma tensa negociação com o Prefeito Poole sobre benefícios para os policiais.

Quando um homem emocionalmente perturbado mantém Baez como refém na mira de sua arma em uma sala de interrogação após ela colocá-lo em uma ordem de restrição, Danny precisa tentar cumprir suas demandas antes que ele a machuque.

Erin fica agitada quando um assaltante entra em seu apartamento e também ataca sua colega de trabalho. Jamie e Eddie descobrem uma bomba caseira no apartamento de uma idosa, e Frank investiga uma caridade que está solicitando doação para a Polícia.

Eddie vai a sua primeira operação infiltrada para investigar uma aliança de sequestradores buscando jovens em sites falsos de hostels. Frank ajuda uma mulher que conhece do início de sua carreira a encontrar o detento que matou sua família.

Frank se opõe a uma jornalista investigativa que se recusa a revelar sua fonte, apesar da fonte admitir ter cometido um homicídio. Danny fica lado a lado com um adolescente problemático como parte de um programa da Polícia de Nova Iorque.

Quando um suspeito admite voluntariamente ter matado um chef em seu restaurante, Danny e Baez estão convencidos de que o suspeito está levando a culpa por alguém. Frank enfrenta um dilema moral quando um amigo de longa data pede a sua ajuda.

Quando o assassinato de alguém próximo a Frank se revela, Frank convoca a força inteira para capturar o assassino. Trabalhando no caso, Danny e Baez vão ver Mario Hunt, um famoso membro de uma gangue, na primeira de duas partes do último episódio.

Quando um membro do clã Reagan é baleado, Danny tenta encontrar o membro de gangue responsável, sem deixar suas emoções o dominarem. Além disso, ele deve ser criativo para trazer testemunhas, na conclusão do último episódio duplo da quinta temporada.