Sequestrado por piratas e tido como morto por sua empresa, Rokuro Okajima se une a seus captores.

Rock traça um plano para destruir o helicóptero que tenta atacar seu navio. A Companhia Lagoon aceita Rock como seu mais novo integrante.

Um gângster chamado Chin atrai Dutch e a tripulação do Black Lagoon para uma batalha no mar contra o líder dos piratas rivais.

Em plena missão para recuperar uma pintura valiosa num submarino afundado, o Black Lagoon é alvo de mísseis disparados por neonazistas.

Depois de encontrar o quadro no submarino afundado, Rock e Revy discutem sobre a busca de outros tesouros enquanto mergulhadores neonazistas se aproximam.

O violento ataque de Dutch e Revy ao navio neonazista traz à tona revelações surpreendentes sobre Revy e a missão do Black Lagoon para recuperar a pintura.

Descontente por ter que se unir a Rock, Revy pode atrapalhar as coisas durante uma situação difícil com um traficante.

A tripulação do Black Lagoon precisa entregar um jovem refém a um cartel colombiano, mas Dutch tem uma crise de consciência ao descobrir quem é o garoto.

Enquanto tenta fugir com Garcia, a tripulação do Black Lagoon descobre tarde demais que Roberta é uma terrível — e procurada — adversária.

Rock descobre a verdade sobre as tropas de Balalaika quando interfere num confronto sem limites entre Revy e Roberta.

Ao levar à CIA informações sobre uma organização terrorista, a tripulação da Black Lagoon é alvo de um ataque de terroristas.

Rock descobre a verdade sobre Takenaka num interrogatório e se surpreende ainda mais quando é resgatado por Revy e Shenhua.

Uma série de assassinatos provoca um encontro de chefões do crime, e a suspeita recai sobre um casal de gêmeos.

Rock e Chang seguem as pistas dos gêmeos até a Romênia e iniciam um jogo mortal de gato e rato à procura das crianças.

Gretel faz Eda refém e exige um barco para escapar com seu irmão. Enquanto isso, Hansel lida sozinho com a equipe de Balalaika.

A máfia da Flórida e diversos caçadores de recompensa estão em busca da falsificadora americana Greenback Jane.

Eda tenta ajudar Jane a escapar dos caçadores de recompensa, mas seus planos — incluindo a fuga do Black Lagoon — não param de dar errado.

Dutch e Benny tentam resgatar Jane e os outros. Com o grupo perseguido pelos caçadores de recompensa, muitas revelações vêm à tona.

Rock e Revy acompanham Balalaika até o Japão, onde, a mando de criminosos, aceitam a perigosa tarefa de eliminar um grupo da Yakusa.

Balalaika e o grupo de Washimine entram em conflito. Rock faz uma descoberta chocante sobre Yukio, a garota que ele conheceu no festival.

Yukio é raptada no dia em que toma o controle do grupo de Washimine. Rock quer resgatá-la com a ajuda de Revy.

Revy e Ginji tentam salvar Yukio durante uma batalha com Chaka e seus homens. Mais tarde, Yukio critica Rock por tentar tirá-la da vida no crime.

Balalaika acaba com grande parte do grupo de Washimine, mas Yukio usa uma nova técnica a seu favor.

Rock tenta forçar Yukio a abandonar a vida no crime, mas seus planos para o futuro dela saem do controle.