A frota é obrigada a fazer um salto Fasther Than Light a cada trinta e três minutos, pois os cylons sempre descobrem sua posição. A população civil começa a duvidar da liderança de Adama e Roslin. Quando uma das naves civis é tomada pelos cylons e usada como arma, através de ogivas nucleares que foram introduzidas no veículo, Lee Adama se vê obrigado a destruí-la sem saber se os tripulantes humanos ainda estão vivos. A situação lembra o avião supostamente abatido por pilotos de caça no atentado de 11 de setembro.

Sharon, inconscientemente, seguindo sua programação, destrói o depósito de água da Galactica. Esforços desesperados são feitos para achar reservas naturais em planetas. Em Caprica, Helo foge dos cylons com a ajuda da outra Sharon, sem saber que ela não é a Boomer de Galactica. Logo se percebe que a presença da cylon ginóide faz parte de um plano para envolver Helo.

A difícil extração de água em uma lua coberta de gelo leva Adama a enviar Lee para a nave de prisioneiros Astral Queen, com o propósito de recrutar voluntários. Mas Tom Zarek, um famoso ex-terrorista e líder dos prisioneiros, assume o comando, prende Lee e chantageia Adama e Roslin para que se façam eleições livres. Lee acaba concordando com a necessidade de um governo legítimo.

Um acidente mata muitos pilotos, e Kara é incumbida de treinar civis para substituí-los, o que lhe traz lembranças dolorosas e a faz tomar decisões contestadas pelos seus superiores. Ela se culpa pela morte de Zak, o irmão de Lee, que ela aprovou no teste de piloto sem que ele tivesse capacidade. Ao treinar os calouros, ela arrisca a vida para salvá-los de um ataque cylon repentino e cai em um planeta, juntamente com o raider que abateu.

Kara está na superfície do planeta e Adama, assim como Lee, não mede esforços para resgatá-la, mesmo contra a vontade da Presidente. Em uma estratégia brilhante e desesperada, Kara aprende a pilotar o raider, que é em parte biológico, e retorna salva à Galactica. Em Caprica, Sharon desaparece após um ataque de centuriões.

Um tribunal se reúne para investigar a presença de agentes cylons na frota após um ataque suicida com uma bomba. É uma autêntica caça às bruxas, Adama e Laura se viram forçados a revelar que os cylons agora são humanoides e o medo se espalhou pela Galactica. Até mesmo Adama é suspeito de ter facilitado o ataque com o homem-bomba e é chamado para depor. Na realidade, Tyrol e Boomer estavam se encontrando na hora do atentado e foram acobertados pelos outros agentes de manutenção. Um deles assumiu ter deixado uma escotilha aberta e foi preso por negligência. Arrependido, Tyrol acaba seu relacionamento com Sharon. Em Caprica, a outra Sharon prossegue em seu plano de fazer Helo se apaixonar por ela.

Baltar é acusado de ser um cylon, mas depois é inocentado. Helo e Sharon continuam fugindo dos cylons em Caprica.

Kara sofre uma crise de culpa quando lhe ordenam que torture um cylon, conhecido como Leoben, para saber onde ele escondeu uma bomba atômica na frota. O agente cylon foi descoberto em uma das naves da frota e joga com Kara durante o interrogatório. Ele lhe diz que possui uma alma e que ela conduzirá a frota para a Terra. Kara também joga, utilizando-se do medo que ele tem de não ser como os humanos e não encontrar Deus após a morte. Laura intervém no jogo entre os dois e manda que joguem Leoben no airlock após induzi-lo a confessar que não existe uma bomba, mas antes de morrer, ele lhe diz que Adama é um cylon. Percebe-se que isso desconcerta a Presidente, o que se explica por sonhos que ela teve com o próprio agente cylon antes que o encontrassem. Várias das premonições anunciadas durante o episódio terão repercussões no decorrer da série. Em Caprica, Sharon consegue seduzir Helo e faz sexo com ele; na Galactica, Boomer se submete a um exame e Baltar descobre que ela é uma cylon, mas guarda segredo.

A Galactica é atacada e Adama desaparece, causando rumores sobre ele mesmo ser um cylon, o que na verdade já havia sido insinuado a Laura pelo cylon infiltrado. Adama reaparece e traz consigo Ellen, a esposa do Coronel Tigh, que havia se escondido em uma das naves da frota após o ataque às colônias. A pedido da Presidente, ambos são testados por Baltar, cujo detector de cylons está finalizado.

A frota está ficando sem combustível quando um asteroide contendo Tylium é encontrado pelo Raptor de Boomer e Crash. Os Cylons montaram uma refinaria no local e Adama decide lançar um ataque. Kara ajuda a planejar o ataque, mas não pode participar da operação porque ainda não se recuperou do ferimento sofrido no joelho após ter sido abatida. Lee toma o lugar dela como líder da esquadrilha e com grande habilidade consegue explodir a refinaria, afastando os cylons.

Eleições presidenciais forçadas por Zarek na rebelião da Astral Queem são iminentes e ele aproveita para se lançar como líder político. Zarek é eleito representante de seu mundo e se candidata a Vice-Presidente, já que não existe alguém nesse cargo. Laura, em uma manobra política, indica Baltar como seu vice e ele ganha a eleição graças à sua popularidade.

A Galactica descobre Kobol. Laura insiste na sua visão mística e propõe que Starbuck vá à Caprica para trazer a Flecha de Apollo, com a qual será possível descobrir a localização da Terra se aquela for inserida em um templo de Kobol. Kara descobre que o comandante não sabe onde fica a Terra e parte em busca do artefato mitológico. Enquanto isso, uma missão de reconhecimento é atacada por cylons no planeta Kobol.

Adama prende Laura e seu filho Lee, que se colocou do lado dela. Em Caprica, Kara encontra a flecha e também Helo e Sharon, que confessa estar grávida. Em Kobol, a equipe sobrevive à queda do raptor e Baltar, induzido por Six, tem uma visão de si como protetor da "nova geração dos filhos de Deus". A programação de Boomer é ativada e ela dispara um tiro no peito de Adama.