Após a captura de Rupert Thorne em uma fábrica abandonada, o Comissário James Gordon é acusado de aceitar suborno do chefe da máfia. Batman e Robin tentam descobrir a verdade por trás do escândalo. Barbara Gordon, por sua vez, querendo ajudar seu pai, inicia sua carreira como Batgirl.

Batman então se disfarça para investigar os acontecimentos que envolvem o comissário porém é capturado pelo Duas Caras. Agora, depende de Robin e Batgirl para limpar a reputação do Comissário Gordon e salvá-lo antes que o Duas Caras descubra quem ele é.

Depois de um tempo considerado morto, Matt Hagen, o Cara de Barro, retorna a Gotham, iniciando sua carreira criminosa. Batman investiga o estado de Hagen, cujo corpo começa a derreter literalmente. Hagen precisa roubar dinheiro para financiar a execução de uma armadura que o mantém vivo.

A rica socialite Veronica Vreeland retorna da América Central, trazendo pequenos bonecos artesanais para todos os seus amigos. Porém, cada um dos bonecos foi feito pelo Chapeleiro Louco e contém um minúsculo microchip, que controla os cérebros das pessoas.

Um médico criminoso tenta usar a Dra. Leslie Thompkins em seus planos. Batman terá de impedir que a amiga de sua família caia em uma armadilha.

Hera Venenosa finge que ficou reabilitada para criar plantas monstros com o DNA de seu suposto marido. Batman e Robin descobrem seus terríveis planos e agora devem lutar para salvar o professor que caiu na cilada da Hera Venenosa.

Croc Assassino foge do trem que o mantinha preso, batalha com Batman e se perde na floresta quando conhece uma família de circo antigo. Batman agora tem que enfrenta-lo e impedir que ele faça mal a família circense.

Ra's Al Ghul rouba um pergaminho místico que é um mapa para o poder da vida e da morte. Batman, que teve um caso com Talia, une forças com ela para impedir o vilão e na busca, eles chegam a um templo escondido sob o deserto egípcio. Lá, o Cavaleiro das Trevas é forçado a enfrentar em uma terrível batalha, uma feiticeira egípcia antiga.

Batman e uma advogada que o odeia são levados para o Asilo Arkham para serem julgados por um bando de loucos e facínoras, onde o juiz é: O Coringa!

O Coringa sequestra uma bomba de alto poder destrutivo e Batman e Robin recorrem a única pessoa que pode ajudá-los sem levantar suspeitas: a Arlequina.