O ano é 1614. Dois clãs ninjas em guerra, cada um apoiando um filho de Hidetada Tokugawa como o próximo shogun, enviam dez representantes cada um para lutar até a morte pela posse do governo Tokugawa para o clã vencedor pelos próximos mil anos.

O novo Basilisk é uma adaptação da novel que serve de continuação do mangá original de Masaki Gasawa, cujo qual já inspirou uma adaptação para anime de 25 episódios pelo estúdio Gonzo (Full Metal Panic, Gantz) que inclusive foi exibido no Brasil no falecido Animax. A história da nova série se passa 10 anos após a conclusão do mangá/anime, focando nos personagens Hachiro e Hibiki, dois ninjas dos clãs Kouga e Iga.