Misaki Suzuhara é uma menina de 12 anos. No início do 4º ano, ela decide se mudar para Tóquio para estudar para que ela possa conhecer sua mãe que viveu por 8 anos. Misaki morava com seus avós em Wakayama, já que sua mãe tinha ido a Tóquio por motivos de trabalho. Mas Misaki não vai viver com sua mãe, mas com sua tia Shoko, que é repórter e se ofereceu para cuidar dela durante sua estadia em Tóquio. Após sua chegada à estação de Tóquio, ele sai da estação e testemunha em uma tela gigante a luta de duas pessoas, uma grande e imponente e a outra uma pessoa vestida de branco e pequeno. Misaki fica surpreso ao ver que a pessoa pequena ganha a batalha, em que ponto aparece Icchan, o que explica que essas duas pessoas são realmente anjos (o anjo branco é Athena), então Misaki decide participar de Angeli Layer. Icchan leva-a para a loja Piffle Princess, onde ela diz que, para fazer um anjo, ela primeiro tem que comprar um ovo de anjo, bem como os outros materiais necessários para montar seu anjo. Depois que Misaki paga pelo que comprou, Icchan desaparece. Misaki chega muito tarde na casa da tia porque ficou sem dinheiro para comprar coisas para Angelic Layer. Shoko está surpreso, mas não diz nada a Misaki, no entanto, quando Misaki está fazendo, seu anjo recebe um chamado de uma pessoa.