Seis meses após o desaparecimento de Emily em uma nave alienígena, os sobreviventes de Londres estabeleceram uma base de resistência da qual planejam revidar. Os alienígenas já apareceram e parecem perfeitamente humanos.

Emily fica preocupada com lembranças do tempo que passou com os alienígenas. Bill fica perturbado com as semelhanças entre Emily e os alienígenas. Zoe encoraja um Bill relutante a usar essas semelhanças a seu favor.

Bill injeta secretamente em Emily uma arma biológica que espera usar nos alienígenas. Quando ela fica doente, alguns dos sobreviventes saem em busca de insulina para tratá-la. A base da resistência é atacada e os sobreviventes são forçados a fugir.

Catherine, Sophia e Nathan vão para Londres acompanhados por um sobrevivente encontrado por acaso. Os sentimentos de Sacha por Emily se intensificam e seu comportamento torna-se cada vez mais perturbador. Sentindo-se ameaçado, Bill é forçado a fugir.

Bill se junta a um grupo de soldados que mantêm uma refém alienígena chamada Isla. Catherine, Sophia e Nathan continuam procurando por Bill. Adina e os alienígenas partem para encontrar Bill. Chloe percebe que Sacha matou Ash e sugere que ele fuja com ela.

Na universidade, Sophia assiste os vídeos gravados por Dylan enquanto Catherine se concentra nos algoritmos que ele deixou para trás e que decifram o comportamento dos robôs. Graças à intervenção de Bill, Isla consegue fugir.

Emily concorda em ajudar Bill a testar o vírus mas logo experimenta sérios efeitos colaterais. Sacha, que segue secretamente o grupo para ficar perto de Emily, tenta tirá-la do grupo. Catherine, Sophia e Nathan partem novamente em busca de Bill Ward.

Catherine, Sophia, Zoe e os outros sobreviventes, finalmente reunidos, se preparam para o ataque final. Mas é Bill quem tem o destino da humanidade em suas mãos, contanto que seja ajudado por Isla.