Masato Akitsu, de quinze anos, é capturado por agentes do governo liderados por Isao Ooki e ordenado a pilotar Zeorymer of the Heavens. Enquanto isso, a recém-coroada Imperatriz Tekkoryū Yuratei ordena que seu amante Taiha envie seu mecha Lanstar of the Wind (風のランスター, Kaze no Ransutā ) para o Japão para capturar ou destruir Zeorymer. Quando os dois robôs entram em combate, Masato descobre que sabe como usar os controles de Zeorymer. Durante a batalha, sua persona muda repentinamente para a de Masaki Kihara e rapidamente mata Taiha. Masato volta ao seu eu normal e fica ainda mais confuso com seu passado.

Masato descobre por Ooki que ele era um bebê de proveta que estava geneticamente ligado a Zeorymer. Ele é sequestrado pelas irmãs gêmeas Si Aen e Si Tau e interrogado por Yuratei sobre seu papel como piloto de Zeorymer. Miku rapidamente o resgata antes que os gêmeos embarquem em seus respectivos mechas Bryst of the Fire (火のブライスト, Hi no Buraisto ) e Gallowin of the Water (水のガロウィン, Mizu no Garouin ) e causem estragos na cidade próxima. Os gêmeos cercam Zeorymer e disparam seu ataque combinado contra ele, mas de repente ele se teletransporta para fora de suas vistas. O trabalho em equipe dos gêmeos desmorona quando Tau tenta atacar Zeorymer sozinha, sentindo que Aen a estava segurando e pode usá-la como escudo durante a batalha. Masato mais uma vez muda para sua persona Masaki, usando a briga dos gêmeos a seu favor e eliminando-os com um ataque concentrado.

Miku é sequestrada e torturada por Tekkoryū enquanto Ritsu e seu mecha Rose C'est la vie of the Moon (月のローズセラヴィー, Tsuki no Rōzu Seravī ) vão para o Japão para desafiar Zeorymer. Sem Miku, Zeorymer só pode operar com 1/3 de potência. Ritsu revela a Masato que todos os pilotos do Hakkeshū foram geneticamente modificados pelo Prof. Kihara com falhas específicas, como o amor não correspondido de Taiha por Yuratei e a animosidade fraternal de Tau e Aen. Ele busca vingança contra o Prof. Kihara por amaldiçoá-lo com um rosto efeminado . Quando a persona de Masaki mais uma vez assume o corpo de Masato, ele usa Zeorymer para teletransportar Miku de volta e carregar totalmente o mecha. Depois de destruir o último satélite de recarga de Rose C'est la vie, Masaki rapidamente mata Ritsu.

Yuratei faz com que Dinodilus da Terra (pilotado por Rockfell) e Burstone das Montanhas (pilotado por Gisou) ataquem Tóquio enquanto Omzack do Trovão (pilotado por Saiga) causa estragos na frota naval dos EUA no Oceano Pacífico. Saiga tenta fazer com que Rockfell e Gisou traiam Tekkoryū e se juntem a ele, mas Zeorymer mata o trio de uma só vez. Masaki revela a Ooki que ele secretamente orquestrou todas as atividades de Tekkoryū e, sabendo que Ooki iria traí-lo e matá-lo, ele inseriu seu DNA no computador de Zeorymer e no embrião que eventualmente se transformaria em Masato. Após uma batalha mental acalorada, Masato recupera seu corpo. Com todos os seus Hakkeshū eliminados, Yuratei envia a Zeorymer um convite para a base secreta de Tekkoryū e desafia seus pilotos a impedi-la de disparar todos os mísseis nucleares do mundo. Masato e Miku embarcam em Zeorymer pela última vez e destroem a base e presumivelmente eles próprios no processo.