A vida de Light Yagami é calma e monótona, mas um antigo colega da escola aparece para atormentá-lo. Esse homem, Sakota, é um delinquente que todos odeiam e seu retorno só traz de volta o antigo terror que seus amigos da escola sentiam. Vendo seu amigo ser ameaçado por Sakota, Yagami percebe que não tem poder contra alguém como ele. Mas um estranho caderno cai do céu, um misterioso caderno cujas orientações deixam claro que a pessoa que tiver seu nome escrito lá, morrerá. E se Light escrever o nome de Sakota? E se o mundo perdesse alguém que só faz maldades?

Light agora é Kira, que segundo a lenda urbana julga e pune os criminosos do mundo. Mas a polícia acredita que o senso de justiça dele é totalmente deturpado e resolve tomar uma atitude. Com a ajuda do talentoso e misterioso detetive L, agora a polícia tem seus suspeitos e parte para a perseguição. Light acaba se tornando o principal suspeito de L, mas ainda assim ele precisa continuar agindo para limpar o mundo e, principalmente, para continuar salvando as pessoas que ama.

O investigador do FBI segue no percalço de Light, que precisa de um plano rápido para livrar-se das suspeitas de L, que acusa-o de ser Kira.

L não consegue provas de que Light é Kira então decide confrontá-lo pessoalmente. Enquanto isso, um outro Kira surge, trazendo ainda mais tensão e insegurança para os investigadores.

O segundo Kira está verdadeiramente disposto a ajudar o Kira original com seus olhos capazes de ler o nome de qualquer pessoa para quem olhar. L também percebe o perigo dessa habilidade e faz uma manobra ousada: chama Light, seu principal suspeito, para ajudar nas investigações.

Misa está sob custódia de L como suspeita de ser o Segundo Kira. Completamente esgotada em um interrogatório desumano, Misa começa a implorar pela própria morte.

A investigação do caso está no encalço da Yotsuba, muito beneficiada pelas recentes mortes. L e Light, unidos, pretendem descobrir a relação dos executivos com Kira, e uma nova reviravolta é iminente.

Light e L recuperam o Death Note e a investigação toma um novo rumo. Com essa nova evidência em mãos, L finalmente pode descobrir a verdade sobre Kira e fazer com que a justiça prevaleça. No entanto, mais um Kira surge e ele também quer que justiça seja feita, mesmo que de uma forma distorcida.

L consegue desvendar o grande segredo de Light com um plano perfeito. Mas mesmo os planos perfeitos podem falhar perante Kira.

Sayu, a irmã de Light, é sequestrada e os sequestradores exigem o Death Note como resgate. Salvá-la torna-se a grande prioridade da equipe de Soichiro Yagami e, para o sucesso da missão, eles contam com o apoio de Near.

Sem seus dois maiores obstáculos no caminho, Light agora só precisa eliminar Mello para, assim, trazer à luz o mundo perfeito que Kira tanto almeja.