Um dia, Hikaru Amatsuga, um estudante da cidade de Kitakagami, encontra Alma, uma forma de vida mecânica em forma de braço, que perdeu a memória. Incapaz de deixar Alma para trás, Hikaru é perseguido por drones do Grupo Kagami, que tentam recuperá-lo, e uma misteriosa usuária de Mecha-Ude.

Com o pretexto de proteger Alma, a usuária de Mecha-Ude, Akira Murasame, se transfere para a classe de Hikaru. Como membro da organização ARMS, ela segue Hikaru e Alma constantemente, deixando Hikaru exausto.

Hikaru fica sabendo um pouco mais sobre o que é o Alma e, apesar de querer ajudá-lo, todos falam que ele não deve fazer nada e isso o deixa pensativo.

Hikaru tenta equilibrar a vida escolar, a convivência com Alma e ser membro da ARMS, além de lidar com a perseguição de Aki. De repente, Jun Kagami se muda para sua escola com a intenção de tomar Alma para si. Será que Hikaru conseguirá tirar dele alguma informação sobre o passado de Alma?

Aki finalmente consegue achar o usuário de Mecha-Ude do tipo Worm que matou sua família. Ao descobrir a identidade inesperada do culpado, Aki também descobre uma outra verdade cruel e dolorosa.

Hikaru confronta Aki sobre seu comportamento misterioso, suspeitando que ela esteja em busca de vingança relacionada aos Mecha-Ude. Quando uma luta tensa começa entre aliados e rivais, Hikaru é forçado a tomar uma decisão difícil.

Depois de uma luta violenta contra Amaryllis, Alma recupera sua memória e acaba fugindo de casa. Em busca de pistas sobre o paradeiro de Alma, Hikaru vai até a ARMS para falar com Fist, que conta a ele sobre o passado dos Mecha-Ude.