25 de março de 2095. Para comemorar seu 15º aniversário, Shiba Miyuki foi fazer compras com seu irmão mais velho, Tatsuya, em Yokohama. Miyuki aproveita seu tempo com Tatsuya como se estivessem em um encontro, e fica em êxtase quando ele lhe dá um presente surpresa. No entanto, eles são interrompidos por uma ligação do principal ramo de sua família, os Yotsubas, que são membros dos Dez Clãs de Mestres. Eles pedem que Tatsuya  atenda a um assunto urgente. Enquanto Miyuki espera o retorno de Tatsuya, o alarme de incêndio no prédio dispara. Miyuki percebe que esse é um ato criminoso cometido por alguém que usa magia e se dirige para o fogo.

Mitsui Honoka e Kitayama Shizuku são aceitas na Escola de Magia. Desde que Honoka teve um vislumbre de Miyuki nos exames de admissão, ela sentiu uma forte admiração por ela, e fica muito feliz quando elas inesperadamente se tornam amigas. Honoka também respeita Tatsuya por ser um mágico excepcional, mas fica surpresa ao descobrir que ele é um aluno do Curso Dois. Ela começa a se perguntar qual é a diferença entre os alunos do Curso Um e Dois. Quando Honoka e seus amigos se encontram em uma briga entre os alunos do Curso Um e Dois, ela tenta usar magia para acabar com a disputa, sabendo muito bem que isso é contra as regras da escola...

Com a semana de recrutamento de clubes acontecendo na Escola de Magia, Honoka e Shizuku, que são estudantes excepcionais, são convidadas para participarem de vários clubes. Quando elas se veem cercadas por membros de clubes, Eimi vem em seu socorro, e as três se tornam amigas rapidamente. No caminho de volta da escola para casa, Honoka e suas amigas testemunham Tatsuya, que recentemente se tornou membro do comitê disciplinar, sendo atacado por alguém. Eimi, motivada por seu interesse nesse incidente e em Tatsuya, decide investigar quem é o agressor. Honoka e Shizuku são puxadas para a investigação de Eimi e as três garotas acabam formando o Clube de Detetives das Garotas.

Depois de observar o comportamento de Mibu e do Clube de Kendo, Tatsuya conclui que a pessoa que o atacou deve ser membro da Organização Internacional Anti-Magia, Blanche. Miyuki está enfurecida com a tentativa de Blanche de aumentar a distância entre os alunos dos cursos Um e Dois. Enquanto isso, Honoka e o Clube de Detetives das Garotas identificam o agressor como Tsukasa Kinoe, o capitão do Clube de Kendo. Elas começam a persegui-lo, mas se encontram cercadas por uma misteriosa gangue de motoqueiros. Elas tentam usar magia para retaliar, mas ficam em uma situação difícil quando os agressores usam Cast Jamming para anular seus feitiços.

Durante o debate público com a aliança voluntária, a unidade de combate de Blanche invade a Primeira Escola. Honoka e Shizuku quase são atacadas, mas lutam com magia. Graças à Miyuki e seus amigos, a situação não fica fora de controle, mas Honoka e os outros estão furiosos com as ações de Blanche. Miyuki e Tatsuya vão para o esconderijo inimigo junto com Erika para esmagar Blanche. Quando os combatentes de Blanche ridicularizam os usuários de magia, chamando-os de monstros, Miyuki libera sua poderosa magia sobre eles.

A Primeira Escola quer vencer pelo terceiro ano seguido a Competição Nacional Amistosa de Magia das Escolas de Ensino Médio, também conhecida como Campeonato das Nove Escolas. Mayumi e os outros veteranos da Primeira Escola são conhecidos como o time mais poderoso da sua geração, e estão animados para alcançar a vitória novamente. Porém, Isshiki Airi, Kanou Shiori e Tsukushiin Toko da Terceira Escola estão determinadas a cortar sua série de vitórias. A Primeira Escola vai acumulando pontos no Campeonato das Nove Escolas, mas durante o surfe aquático, Mari, a favorita, se envolve em um acidente sério. Mari, que quer que a Primeira Escola vença o torneio desesperadamente, pede para Miyuki tomar o seu lugar no Jogo da Miragem.

O Campeonato das Nove Escolas começa, e Shizuku enfrenta Shiori no torneio de Tiro Rápido. Shiori utiliza a sequência mágica “Cadeia Aritmética” que lhe permite realizar cálculos matemáticos mais rápido do que um supercomputador. Shiori abandonou sua própria família destruída para se juntar à equipe de Airi, e sua determinação para vencer pressiona Shizuku. Honoka e seus amigos assistem nervosos à partida, mas Miyuki diz com um sorriso confiante: "Quem você acha que é o engenheiro da Shizuku?" Assim como ela previu, Tatsuya tem uma tática secreta na manga para trazer a vitória para Shizuku.

No segundo dia da disputa de calouros, Airi faz jus ao apelido Eclair (raio) ao usar magia de movimentos ultrarrápidos para dominar a competição de Tênis Voador. Shiori está de volta com força total e esmaga sua oponente nos Pilares de Gelo. Enquanto a Terceira Escola aproxima seu placar da Primeira Escola em vitórias, Miyuki faz sua estreia no torneio de Pilares de Gelo. O público e as escolas rivais são surpreendidos por seus poderes mágicos alucinantes. Até mesmo Eimi se sente oprimida pelos poderes de Miyuki, mas ela deve se preparar para enfrentar Shiori em sua próxima partida de Pilares de Gelo.

A partida entre Eimi e Shiori começa com Eimi usando as mesmas táticas das rodadas de qualificação para derrubar os pilares de gelo de Shiori, de modo que a Primeira Escola possa dominar a classificação. No entanto, Shiori vem preparada e Eimi é encurralada. Enquanto isso, Honoka enfrenta Touko nas finais do surfe aquático. Como um Elemento de Luz, Honoka usa sua Magia de Luz e sua habilidade de perceber essa iluminação com seus olhos para se esquivar das armadilhas de magia antiga colocadas por Touko. Touko assume a liderança na corrida, mas Honoka ainda tem alguns truques na manga.

A batalha entre a Miyuki e a Shizuku está se aproximando. A Shizuku não quer perder a oportunidade de enfrentar uma maga brilhante como a Miyuki, então ela trabalha em uma estratégia com o Tatsuya para trazer a vitória para casa. Vendo o quanto a Shizuku leva a competição a sério, a Miyuki resolve dar tudo de si na batalha. O estádio está lotado e a partida final dos Pilares de Gelo começa. Shizuku usa magia do tipo ressonância, que é sua especialidade, mas não tem efeito na Miyuki. Quando todos pensam que a Shizuku vai perder, ela faz um movimento secreto que pega a Miyuki de surpresa.

O Tatsuya, o Leo e o Mikihiko são escolhidos para competir no evento de novatos do Código Monólito como substitutos, pois o Morisaki e os membros de sua equipe se machucaram. A Miyuki teme que o Tatsuya e sua equipe também possam se tornar alvos de uma sabotagem. Para mostrar sua gratidão por todo o trabalho árduo que o Tatsuya fez por elas como engenheiro nos eventos dos novatos, a Honoka e as outras calouras fazem tudo o que podem para protegê-lo, verificando o estágio do Código Monólito e inspecionando o local. Com a ajuda da Miyuki, a competição corre bem e um membro da equipe consegue notar uma anormalidade no palco.

A Miyuki está animada para competir no Jogo da Miragem para trazer a vitória à Primeira Escola. Cansada com a batalha de poder entre os clãs, a Airi quer garantir o 1º e 2º lugar com a Mizuo. Enquanto isso, a Kobayakawa da Primeira Escola se machuca na sua disputa. O Tatsuya descobre que alguém mexeu com o CAD da Miyuki e, apesar de não a ter afetado, ela é a única atleta sobrando da Primeira Escola para conseguir competir no jogo. A Miyuki pede permissão ao Tatsuya para usar um tipo especial de magia nesta partida que ela não pode deixar de vencer.

No Jogo da Miragem, todos os competidores começam a usar Magia de Voo, mas a Miyuki, que tem mais experiência no uso desse feitiço, continua acumulando pontos. Enquanto as outras competidoras, novatas no uso dessa magia, ficam para trás, a Airi é a única que não desiste. Ela combina sua Magia de Salto e movimentos rápidos com a Magia de Voo e dá tudo de si na sua disputa contra a Miyuki, que fica impressionada com a coragem da Airi, mas também fortalece sua determinação de vencer a partida. Quem sairá vitoriosa da intensa batalha entre as duas?